研究miRNA的老师们都清楚miRNA靶基因预测的重要性，准确的靶基因预测能够节省我们后期实验验证的时间和经费，提高验证的效率，没有准确的靶基因预测，神马靶基因功能分析、多组学联合分析都是浮云。
那么如何进行靶基因预测？
已发表的miRNA靶基因预测软件和靶标数据库这么多，我该如何选择？
如何能提高预测精度，减少假阳性？
相信这些问题已经成为困扰研究miRNA老师们的一大难题，下面就让美吉资深miRNA分析工程师（郭老师）来为您揭开这些问题的神秘面纱。
有哪些靶基因预测软件?
郭老师整理了近些年来发表应用较多的miRNA靶标预测软件与数据库，挑选的都是一些影响因子较高的，如下表所示：
这么多软件，我该怎么选择呢？
郭老师：专门的、适合的才是最好的！
miRNA在植物、动物和微生物的特点和作用机制不同，例如动物的miRNA主要作用于基因的3’UTR，植物的miRNA作用于整个转录本(cDNA)，动物的miRNA靶基因预测就比植物更复杂一些，而原核生物的miRNA比较特殊，长度较长（50-bp），因此我们做靶基因预测所用的软件当然也得根据物种不同分成三类：
植物建议使用这些：1.在线软件：psRNATarget
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