济南白癜风医院 http://pf.39.net/bdfyy/bdfyc/190326/6997150.html还记得先前提到的基因转录调控数据库“转录因子靶基因预测，不用到处搜了，都在这了”（GeneTranscriptionRegulationDatabase，GTRD）吗？由俄罗斯学者整理，在SRA、ENCODE、GEO等资源库收集公共的ChIP-seq试验并鉴定转录因子结合位点，提供了公开数据下载。
GTRD数据库简介
GTRD数据库的开发始于0年，自发布以来，数据库一直在保持更新。以下是09年作者发表的文章，总结了目前数据库的资源信息。
总的来说，相比最初的版本，主要改进可归纳如下。（）先前的版本仅包含人类和小鼠的数据，当前的版本包含七个模式物种：人类（Homosapiens）、小鼠（Musmusculus）、大鼠（Rattusnorvegicus）、斑马鱼（Daniorerio）、秀丽隐杆线虫（Caenorhabditiselegans）、果蝇（Drosophilamelanogaster）、酿酒酵母（Saccharomycescerevisiae）、裂殖酵母菌（Schizosaccaromycespombe）和拟南芥（Arabidopsisthaliana）的ChIP-seq实验鉴定的转录因子结合位点（TFBSs）和转录共激活蛋白。（）收录的ChIP-seq实验的数量增加了三倍以上。目前而言，以人类和小鼠为例，包含了超过种转录因子的0多例ChIP-seq实验数据。（3）先前的数据库仅针对转录因子收集的ChIP-seq实验，新版本还包含有关转录共激活因子结合区的数据，以及通过DNase-seq鉴定到的开放染色质区域和TFBSs（DNase印迹）。（4）利用HOCOMOCO数据库的位置权重矩阵（positionweightmatrices）鉴定的人类和小鼠的潜在的TFBSs。（5）作者还对ChIP-seq试验等的一系列处理工作流程作了改进，相较于先前的结果更加稳健。GTRD数据库的当前内容及其派生的信息资源如图所示。GTRD数据库的在线使用
访问在线数据库资源，在主界面点击“Start”，可通过网页搜索查询转录因子及其靶基因的关系。
不过，本人感觉在线界面操作并不好用，因此这里就不对在线使用作更多简介了。
在这里向各位老师推荐我们整理好的本地表格。
3好消息，我们整理了本地版的转录因子-靶基因关系表
我们将其鉴定结果进行整理，并对ChIP-seq鉴定的峰进行了基因区域的重新注释。您可以在后台回复相应数字、获取转录因子靶基因下载链接，直接在对应表格中寻找。以转录因子MYC基因-靶基因关系为例，结果包含如下。“*.output”文件中包含了基因组中所有区域（promotor、UTR、exon、intron）的结合峰。转录因子通常结合靶基因的启动子区域发挥作用，我们将“*.output”中注释到启动子区域的的结合峰单独提取出，获得文件“*.promotor”。其中，“than”代表该峰在至少两个样本中鉴定到，“than3”代表该峰在至少三个样本中鉴定到。结果中，包含了ChIP-seq实验名称、组织细胞类型、转录因子类型、结合的靶位点基因位置及功能描述等信息。对特定转录因子的调节靶基因集进行KEGG富集分析，用于描述该转录因子参与的调控通路，结果见“*.promotor”文件夹。如下所示识别的MYC靶基因的KEGG通路富集概况，由通路可了解该转录因子参与调控哪些生物学过程及通路，方便我们判断该TF是否重要。使用我们已经整理好的对应关系表，您可以很方便地：（）根据已知的转录因子，寻找对应的下游靶基因；（）根据靶基因，寻找上游的转录因子；（3）结合RNAseq差异表达基因列表，识别哪些对应了转录因子，哪些是靶基因，它们之间存在怎样的上下游关系。（4）根据转录因子参与的通路判断其重要性。来看一个实际应用，在下载后的GTRD数据库靶向关系表中进行搜索，在差异表达基因集中定位哪些基因是转录因子，将它们提取出来，并继续在差异表达基因集中寻找与已知转录因子互作的靶基因。最后将差异表达基因中差异表达的转录因子与靶基因关系进行整理，获得关系表，如下所示。若老师们有需要类似的分析，可随时联系我们。4关于转录因子-靶基因关系搜索的常见问题
该数据老师可以直接找到对应的转录因子，去查看涉及到哪些靶基因。但是在实际分析过程中，可能会遇到一些问题，我们列举几条常见的。例如，所