CRISPR-Cas系统对基础研究和生物技术发展都具有重要意义。来自法国的研究人员开发了CRISPRCasdb,一个可以同时在线查询和识别CRISPR序列和Cas基因的数据库,为CRISPR–Cas系统多样性研究提供宝贵数据资源和分析工具。
CRISPRCasdb包括了个完整的原核生物基因组(来自个物种的个细菌和来自个物种的个古细菌)。使用CRISPRCasFinder程序实现同时识别CRISPR序列和Cas基因并确定系统的类型和亚型。
如何使用CRISPRCasdb?
CRISPRCasdb为用户提供核酸序列/宏基因组序列CRISPRCas查询、基于菌株列表/菌株分类的数据浏览、BLAST、分析程序/数据下载功能。用户可以在导航栏或首页选择相关功能按钮进行分析。
核酸序列/宏基因组序列CRISPRCas查询
进入CRISPRCasFinder和CRISPRCasMeta页面,按照平台要求准备相关序列文件,上传并设置相关条件,执行程序即可,分析完成后结果将发送至预留邮箱。
其中CRISPRCasFinder还可以通过菌株信息搜索的方式得到目标菌株的CRISPRCas详细信息。
查询功能示例(CRISPRCasFinder)
基于菌株列表/菌株分类的数据浏览
用户可以根据菌株列表和菌株分类信息浏览CRISPRCasdb中的数据信息,浏览页面可以使用菌株信息(名称或分类ID)进行搜索,得到菌株的CRISPRCas详细信息。
浏览功能示例
BLAST
用户可以使用BLAST功能完成短序列与CRISPRCasdb中重复序列或间隔区序列的比对。
BLAST功能示例
下载
用户可在“Download”页面下载CRISPRCasdb的分析程序/容器和数据。
下载页面
还有哪些基于web的
CRISPRCas分析数据库?
研究团队还将CRISPRCasdb与其他基于web的CRISPRCas分析数据库进行了比较。
比较CRISPRCasdb与其他基于web的CRISPRCas数据库
CRISPI