我多次提到过，表达矩阵最常见的两个分组形式就是处理组与对照组，其中处理可以是加药物，也可以过表达或者敲低某个基因。
一个科研故事最近看到芝加哥大学化学系何川教授实验室的研究生付晔分享其关于第一个RNA去甲基化酶FTO活性的科研探索经历，提到了通过过表达和敲低FTO蛋白并使用DNA微阵列芯片分析基因表达的变化，发现近千种基因的mRNA水平发生了变化。但是这样其实仍然是无法讲一个完整的生物学故事，所以跟合作者又做了很多实验，比如通过蛋白免疫共沉淀，酵母双杂交技术，蛋白-蛋白作用阵列等多种手段寻找可能与FTO有相互作用的蛋白。
一个引领时代潮流的文章简单搜索了一下是年贾桂芳博士和付晔博士的NatureChemicalBiology文章，文章短小精悍，就4页的PDF。她们在何川教授实验室最先确定了FTO的作用底物是mRNA上的m6A，而这也是第一个被发现的可逆RNA修饰，RNA表观遗传学/表观转录组学的研究由此肇始。所以这篇文章的引用挺好的，如下：
很奇怪呀，我的确没有看到这篇文章里面有提到通过，过表达和敲低FTO蛋白并使用DNA微阵列芯片分析基因表达的变化，不过不影响我们GEO数据库搜索。
我们这次的学徒作业是GEO数据集的搜索，关键词就是过表达和敲低FTO蛋白并使用DNA微阵列芯片分析基因表达的变化，作业发到我的邮箱jmzeng
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