随着第一个蛋白晶体结构被解析出来，人们开始意识到一种“合理”的药物设计方法，即将小分子化合物对接到蛋白靶标上来模拟天然分子识别的过程，并对结果进行排序。从上世纪80年代第一个分子对接软件DOCK问世以来，分子对接（moleculardocking）方法不断发展，利用对接来探究小分子与蛋白的结合口袋（bindingsite）之间的相互作用，已经成为药物设计中非常流行的一种模拟方法，也是常用的虚拟筛选（virtualscreening）策略。这一期，我们先来介绍分子对接的基本理论。对于蛋白结合位点的了解能大大提高对接效率。一般来说，结合位点是事先指定的，可以是蛋白-小分子复合物晶体结构中小分子的位点，如下图；也可以是通过计算方法预测的口袋，预测口袋的软件有很多，比如Fpocket（
