两张图总结本文，以方便大家确定是否还有看下去的兴趣
写在前面Emmm...今天开放一个旧功能，全基因组基因密度统计。虽然是早前就写好的，但我一直没开放，主要是考虑到这个功能感兴趣或者用得上的人不多。没人用的功能，不会是好功能。然而，近日需要写一些UsageCases。TBtools一贯风格是，任何人都能轻松掌握并完成数据处理-分析-可视化。要做让所有人都轻松，确实不是一个简单的事情。于是，我又打了一个GUI，看了下时间....十来分钟搞定。以下，分为两部分：
说明这个功能的使用方法
大体说明这个功能的用处
如何使用GeneDensityProfile输入数据文件：GFF3或GTF文件，即基因结构注释信息首先，打开TBtools，并打开对应功能
随后，设置输入文件，并设置输出文件
文件不大，打开文件看看
一共四列，最后一列即为区域的基因数目，可以用于下游使用
GeneLocation功能上的应用假定我们有一堆基因要展示其在染色体上的分布，如果使用TBtools，那么有两种方式，这里不做赘述，其中一种是直接基于GTF/GFF3文件可视化。所需文件：
GTF/GFF3文件，正如上述需要的文件
一堆基因ID，如下
使用TBtools可视化这些ID在染色体上的分布，如下
于是你会得到
看起来还是不错的。如果这个时候，再加上基因密度
那么你会得到
看起来，似乎丰富了许多。
Circos图上的应用TBtools的Circos功能目测已经有一些朋友在使用，前述的教程中，需要用户自行基于基因结构注释文件，以及一些简单文本操作，获得基因密度信息。现在则可以直接得到可用于输入的基因密度信息。
于是图片如下
一旦有了基因密度信息，那么可以有多重可视化方式，比如，热图和柱形图
或者更为复杂一下
我自认为，看起来还不错.....其实这也有彩蛋，Circos图是支持只展示某个染色体的某个区域，比如，只显示Chr1的最后部分，
于是得到
Emmm...标签的角度，是我手调的...毕竟是我写的JIGplot引擎，支持交互操作，想调就调。
写在后面其实，GeneDensityProfiler，感觉上确实没有太大用处，主要还是简化或者降低一些工作量。Emmm...似乎TBtools整体上也是。毕竟没什么特别的，都是通用功能，但常常就是通用的简单的事项，占据了我们80%的时间。总之，TBtools，用过就后悔，后悔没早用。
CJchen支持我，点转
