绘制一张好看的基因结构图快速和自由地

导读

本文作者结合自己实际情况,为大家进行了一次基因结构图制作的经验分享。

数据准备

使用TBtools绘制基因结构图,需要至少一个,最好两个输入文件:

基因结构注释文件,或者是gff文件或者是gtf文件

可选的需要展示的基因ID列表,可附带增加自定义的结构域注释信息

其中,在2.中,支持蛋白坐标直接转换为实际gene上的坐标!!!

示例

写再多的使用都不如一个示例嘛,毕竟是个GUI工具

下面以拟南芥的MYB基因家族为例,批量输出

下载和准备TBtools需要的输入文件

下载拟南芥的GFF文件

ftp://ftp.arabidopsis.org/home/tair/Genes/TAIR0_genome_lease/TAIR0_gff

准备拟南芥所有MYB的ID列表,也可以不准备,不过就需要自己先筛选并且只保留MYB相关的拟南芥的记录,点击跳转,拟南芥有68个MYB,如果要用GSDS_v2在线输出结果,那么可能会达到文件上限,于是就做不了了,这个时候,你需要做网页工具本地化,还是可行的;;不过TBtools更方便,只要给够内存,无限个都可以做。

出图并直接调整图片大小

在TBtools中直接进行图片调整,改变高度或者取色器直接修改颜色

当然,支持自定义Featu是必须的

支持输入mRNA/p-mRNA对应的坐标,这样就直接展示序列上,无论指定的区域是否是CDS还是UTR还是Intron

支持输入Protein对应的坐标,比如pfam结果,NCBIcd-search结果,或者其他基于蛋白序列分析,得到的一个区域,TBtools内部会进行自动转换,并映射到CDS上

附上一个课题组秒出的图,中间和右边部分,发工具过去,等几秒,收到QQ消息

秒出!!!还有隐藏功能!!!,点击某处,弹出序列

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