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目前,利用大量的微阵列或RNA-Seq技术来探索不同条件(例如治疗或疾病)之间基因表达的差异是研究疾病的最简单方法。但是,如何快速的从测序得到的“海量”的基因集群中发现差异表达的基因(DEGs)仍然是一项非常重要的任务。
高通量测序可以从相对较少的样本中得到大量的基因表达结果,为了识别DEGs列表,微阵列显著性分析(SAM)采用modifiedt检验,引入一个因子来最小化基因变异的影响。limma包也提供了一种完整的分析基因表达的方法。今天为大家推荐另一种基因表达分析方法,即ORdensity(