在平时教学中，很多老师和学生都有这样的疑问？原核细胞没有同源染色体，其DNA上的一个基因突变产生的新基因与原来的基因是什么样的关系？人Y染色体的非同源区一个基因突变后产生的新基因与原来的基因是什么样的关系？
在人教版必修二中等位基因定义是：控制相对性状的基因。要更好的认识等位基因概念，需要先认识相对性状和基因座这两个概念。
相对性状（relativecharacter）（新人教版中的已修改为relativetrait，但在术语在线中还查不到该名词）定义：由一对等位基因所决定并有明显差异的性状。如豌豆的形状呈圆形或皱缩。学科：遗传学_经典遗传学来源：《遗传学名词》(第二版)（）；新人教版教材中给出的定义是：一种生物同一性状的不同表现类型。可能是因为此处还没有提出等位基因的概念，因此在定义中并没有强调相对性状由等位基因决定。
基因座（locus）定义:基因组中任何一个已确定的位置上的基因或基因的一部分或具有调控作用的DNA序列。学科:遗传学-经典遗传学来源:《遗传学名词》(第二版)（）。
基因座的概念强调基因在基因组中占据相应的位置。
等位基因（allele）定义:在—对同源染色体的同—基因座上的两个不同形式的基因。学科:遗传学_经典遗传学来源:《遗传学名词》(第二版)（）。显然，在经典遗传学中沿用了从孟德尔到摩尔根等人对遗传规律的研究中所给出的等位基因的定义。该定义中强调等位基因是同源染色体上的不同形式的基因。依据该定义，原核生物、Y染色体上非同源区段的基因的不同形式就不能归类为等位基因。在一些高中辅导资料中也有相关题目，例如：一些题目中将“细菌基因突变可以产生等位基因”这句话判断为错误，理由是细菌细胞没有同源染色体。根据以上定义这样的题目是没有问题的，但是这样的概念区分真的有意义吗？我们不妨进一步思考一下。
在戴灼华主编的遗传学（第二版）中直接将大肠杆菌的metA和metB突变基因描述为野生型基因metA+和metB+的等位基因（这两个基因都是甲硫氨酸合成的必须基因）。但是在刘祖洞主编的遗传学（第三版）中并没有将大肠杆菌的metA和metB突变基因描述为野生型基因metA+和metB+的等位基因。那么这两种方式谁更好呢？从两本书的描述来看，并没有什么差别，只是描述习惯不同罢了。毕竟定义概念是为了更加有效科学的交流，因此像原核生物基因突变是否能够产生等位基因这样的无意义区分就显得没有必要了。
在《免疫学名词》（）将等位基因定义为单个基因座上一个基因的不同形式。笔者认为这样的定义更加便于等位基因概念的使用，可以将真核生物、原核生物和病毒基因突变出的新基因定义为原来基因的等位基因。
相关链接：染色体和基因概念的理解
物种概念的理解（四倍体西瓜和二倍体西瓜时同一物种吗？）
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