白癜风需要注意哪些 http://disease.39.net/bjzkbdfyy/181116/6650085.html从目前发表的许多文章来看，做单基因纯生信分析的思路大多是迎合已经发表的大型研究，很难单独依靠挖掘公共数据库而发现一个功能强大的新基因，主要原因有两个：1.在肿瘤研究中，功能强大的基因很多早就已经被研究过了，比如P53，在上个世纪就已经研究的很透彻了，所以未曾见过现在还有用单独用P53这个基因来做纯生信分析的（当然不能排除P53和别的基因联合分析）；2.如今纯生信数据挖掘不像最开始那几年随便挖一个表型都能发一篇文章，现在水涨船高，如果你挖掘到一个未曾报道的功能强大的基因，编辑第一反应就是这个表型是否可靠，第二反应就是让你拿实验进行验证。所以，做单基因纯生信最好的打开方式就是阅读最新的文献，尤其是单细胞转录组的文章，它们会在单个细胞水平上发现很多备选基因，而由于篇幅的限制，不能把每个基因都研究一遍，而大家就可以从中挑选几个备选基因进行分析，这样既能打消编辑的怀疑，又能通过数据挖掘发现新的表型；还有一种方法是看最新报道的功能强大的基因，然后换一种癌型进行分析，因为人类癌症的异质性很大，同样的基因在不同肿瘤中可能参与不同的功能通路，然后可以进行类比，搬运到别的肿瘤中进行分析，言之有理即可。同时还有一个技巧是，如果对所研究癌型没有要求的话，可以着重研究比较罕见的肿瘤，比如下面这篇今年刚发表在BioMedResearchInternational（IF:2.3）杂志上的单基因纯生信文章：就是对COL1A1在间皮瘤中的表型进行分析，而且没有使用任何代码。其实有关COL1A1这个基因在肿瘤中研究已经很多了，小编随便搜了两篇：但是这篇之所以能发表，首先是因为对COL1A1在间皮瘤中的表型进行分析，因为间皮瘤很罕见，从而具有较强的新颖性；当然这篇文章还有另一点可取之处是它的分析角度是肿瘤免疫浸润。一般编辑为了增加引用率都是会比较偏向接收热点研究的文章，而肿瘤免疫浸润正是这几年的热点之一，其余的热点方向还包括肿瘤代谢研究，肿瘤的表观修饰（m6A）研究等。鉴于小编是肿瘤免疫学背景，下面就示范一个单基因肿瘤浸润分析的文章。为了方便大家理解，小编还拿间皮瘤做示范。基础分析（1-3分）第一步：挑基因按照正常的逻辑是应该先看这个基因在间皮瘤和正常组织的表达情况，然后才是分析它的表型，如对生存的影响，或者是对各种免疫细胞浸润的影响。最后是解释为何产生这种影响，而小编今天要演示的恰恰相反。大家必须先认识到，既然做单基因的生信分析，那么挑出一个好的基因将直接影响到最终结果的好坏，因此必须将重点放在挑选基因上。就比如我们想研究某个基因对间皮瘤免疫细胞浸润（表型1）的影响来影响患者生存（表型2），当然可以直接挑选出影响间皮瘤生存最显著的基因来一个个看是否影响免疫浸润，但这样工作量会比较大。我们其实可以通过将最影响生存的基因和免疫相关基因取交集的方式先缩小这个范围。关于免疫基因数据库有很多，小编给大家推荐的是IMMPORT(
