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降解组测序技术简介
在植物中,miRNA通常与靶基因进行完全或接近完全的配对引起靶基因的剪切从而调控基因的表达。植物体内绝大多数的miRNA是利用剪切作用调控靶基因的表达,在结合位点的第10/11位碱基处直接剪切mRNA,从而调控下游的mRNA表达。对miRNA调控机制的阐释,离不开miRNA调控靶基因的鉴定。通过生物信息学预测能够发现潜在的miRNA靶基因,然而假阳性较高。如能通过实验鉴定miRNA靶基因将是更为准确的方式,降解组测序应运而生。
降解组测序的原理是:靶基因经剪切产生两个片段,5’剪切片段和3’剪切片段。其中3’剪切片段,包含有自由的5’单磷酸和3’polyA尾巴,可被RNA连接酶,连接产物可用于下游高通量测序;而含有5’帽子结构的完整基因、含有帽子结构的5’剪切片段或是其他缺少5’单磷酸基团的RNA是无法被RNA酶连接,因而无法进入下游的测序实验;对测序数据进行深入地比对分析,可以直观地发现在mRNA序列的某个位点会出现一个波峰,而该处正是候选的miRNA剪切位点。
利用降解组测序,科研人员摆脱了生物信息学预测的限制,真正从实验中找到了miRNA的作用靶基因,使得数据的准确性和说服力大幅提高,同时也极大简化了后续的验证工作,因而成为了miRNA靶基因鉴定的一大神器。
我们对近10年降解组发文量进行统计,不难看出总体呈上升趋势。
降解组研究发表文章数量统计(-年)
数据来源