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要点
目前用短reads测序法测定RNA结构的方法无法捕捉不同转录异构体（isoform）之间的大部分差异。来自NatureBiotechnology的一项最新研究提出了使用纳米孔测序（PORE-cupine）分析RNA结构，它结合了使用化学修饰的结构探测、直接的长readsRNA测序和机器学习来检测细胞RNA中的二级结构。PORE-cupine也能捕捉到整体结构特征，如RNA结合蛋白结合位点和单核苷酸变异（SNV）的反应性差异。研究者发现同一基因的不同转录亚型中的共享序列可以折叠成不同的结构，这突出了长reads测序对于获得相位信息的重要性。研究者还证明了同一基因转录异构体之间的结构差异导致翻译效率的差异。通过揭示亚型特异的RNA结构，PORE-cupine将加深RNA结构在控制基因调控中的作用的理解。方法原理
Figure1PORE-cupine方法原理PORE-cupine将化学修饰与纳米孔直接RNA测序相结合。它通过检测由结构依赖性修饰引起的电流变化来识别RNA的单链碱基。由于该方法仅涉及一个简单的两步连接方案（测序前准备时间为小时），而无需进行聚合酶链反应（PCR）扩增，因此PORE-cupine可快速，直接地捕获转录组中的结构信息。纳米孔长reads测序帮助人们加深对复杂而广泛剪接的转录组如何采取不同结构来调控isoform特异性基因的理解。FigurePORE-cupine在体外和体内均可准确执行，并捕获核糖开关的结构动力学展望
PORE-cupine扩展了当前的RNA结构探测策略，以加深我们对RNA结构在isoform特异性基因调控中的作用的了解。尽管最初的版本仍然需要跨越多条链的信号集合才能获得准确的结构信息，但是随着该方法的未来发展，将通过增加每条链的修饰频率并改善测序和分析技术，可以在单个位置上研究RNA结构。文献来源Aw,J.G.A.,Lim,S.W.,Wang,J.X.etal.Determinationofisoform-specificRNAstructurewithnanoporelongreads.NatBiotechnol(00).