皮肤上有小白点是白癜风吗 http://www.zgbdf.net/baidianfeng/zhenduanjianbie/15363.shtml富集分析是转录组中常见的分析方法，它是将基因和它们的生物学意义连接起来的重要桥梁。常规的富集分析方法一般基于超几何检验完成，通过对特定的目标基因集进行统计分析，看它们是否归属于某类通路或者terms，从而判断特定实验条件对生物功能的影响。这种富集分析是对目标基因进行分析，缩小了分析范围，侧重分析一些关键基因，并且可以帮助发现在生物学过程中与目标基因显著相关的关键作用生物通路。但常规的富集方法其实也有一些无比避免的问题，其中下面两个是最为明显：1.过分依赖于特定基因集通路是否显著被富集是影响我们对处理效应判断的重要依据，基于超几何的富集分析方法需要利用基因集完成，一般基因集来源于差异分析，因此可以说差异基因的多少会直接影响常规富集的效果。在进行差异分析的时候，一般会使用差异倍数和q值进行过滤，常用的标准是差异倍数两倍以上和q值小于0.05，但这种人为的标准很容易把一些有意义却变化微量的基因筛除掉，从而造成结果的失实。就比如图1中，通路上有5个基因上调表达，但由于差异倍数阈值设定在，最终过滤后通路上只富集了E基因，而A-D的基因就会被筛选掉。这就会导致富集在目标通路的基因变少，目标通路不被显著富集，但很显然，通路是有明显变化。图1通路调控示意图.可能难以确定调控方向根据常规富集分析结果，只能获得哪个通路是显著富集的通路，但是富集在目标通路的差异基因会有上调和下调两种情况存在，所以我们无法判断该通路是有上调基因主导还是由下调基因主导的通路。有可能你
