GSEA介绍
GSEA全名GeneSetEnrichmentAnalysis,翻译过来就是基因集富集分析。基本思想是使用预定义的基因集,将基因按照在两类样本中的差异表达程度排序,然后检验预先设定的基因集是否在这个排序表的顶端或者末端富集。GSEA分析检测基因集合而不是单个基因的表达变化,因此可以包含更多细微的表达变化,从另一个角度来解读生物学信息,以阐述其中的生物学意义。
GSEA与常规富集分析常规的富集分析(GO和KEGG)侧重于比较两组间差异基因,而容易遗漏掉部分差异不显著但是有生物学意义的基因,容易忽略一些基因的功能,生物特性,调控网络等有价值的信息。GSEA不需要特意选择差异基因,算法是根据其整体的表达趋势,找出基因中差异不明显但是整体趋势一致的基因集。
GSEA的原理GSEA的假设是设定好的功能基因集里面的成员在目标基因集中是随机分布的。如果功能基因集是处于目标基因集的顶部或底部,且置换检验后P值显著,那么说明此功能基因集所表现的功能的实验或其他处理下发生了作用,也是需要白癜风个性治疗白癜丸价格在哪个价位区间