同行业内常讲一句话“3分左右,5分难够”,说的就是基因家族分析文章常常止步于3-4分。集思慧远作为业内基因家族项目、文章数量双第一,今天就带领大家领略一下5分+的基因家族分析该如何做。
01
年5月22日发表在cells
(IF=5.(),中科院期刊分区:生物2区)
文章简介磷缺乏是植物生长的主要限制因素之一,而丛枝菌根(AM)共生可以显着促进植物对磷的吸收;在磷的吸收转运过程中,PHT1转运蛋白起关键作用,多种植物已有报道,但尚未深入研究这些基因在AM共生过程中对小麦(TaPHT1)的调控和功能。所以,本文对小麦中TaPHT1基因家族进行了全面分析,包括序列,系统发育,顺式元件,基因表达,亚细胞定位,转基因沉默,生理元素测定等,以阐明它们在AM相关的磷酸盐转运和免疫中的作用。
总结:文章除了常见的生信分析内容外,还进一步对筛选出来的基因进行了大量功能实验验证以及做了些生理元素指标的测定,这是此文能发5+分的关键之处。
02
年8月16日发表在NewPhytologist
(IF=7.分(),中科院期刊分区:生物1区)
文章简介本文对个小麦MIKCtype-MADS-box基因的系统发育和表达进行了综述。同源基因保持率显著高于小麦基因的全基因组平均保持率,表明许多MIKC型同源基因在功能上是重要的,而不是多余的。基因表达与预期的亚家族特异性表达模式基本一致,表明MIKC基因在小麦进化过程中的功能具有广泛的保守性。作者还发现了一些MIKC亚家族的广泛扩展,特别是那些可能参与适应不同环境条件的亚家族,如开花时间基因。在端粒远端,重复现象尤为突出。许多MIKC型基因表现出新的表达模式,并对生物胁迫做出反应,指向新功能化。作者推测,保守的、重复的和新功能化的MIKC基因可能在小麦适应各种条件方面发挥了重要作用,从而促进了小麦作为全球主食的重要性。
?总结:可以看出文章中从常见的生信分析中衍生出了一些更加深入的点,特别是深入分析了基因家族成员在染色体上的分布,以及如何扩张,加倍与形成,这些保留的家族成员对物种本身的生物学意义。
从这些高影响因子的基因家族文章中,我们总结出:随着越来越多物种的基因组完成了测序,对基因家族的研究也越来越深入,已不再停留于简单的“家族鉴定及分类+基因结构分析+基因表达模式分析“的常规“三板斧”。目前基因家族分析已经迈入2.0时代,重塑了基因家族研究的重要性,一是结合分子实验技术(例如亚细胞定位、酵母双杂交、基因沉默与过表达等)对基因功能进入深入挖掘;二是利用比较基因组学分析或结合物种基因组特性进行深入的分子进化研究(例如同源基因的扩张收缩及功能演变、物种染色体以及基因家族加倍事件的演化历程,物种间系统分化时间及历史事件等)。
基因家族分析已经成为分子生物学领域一种常规手段和必备技能,因为瞄准的就是特异功能基因的“一大家子”,针对性的更强,研究也更深入更系统。为此我们开展了线上培训课程,让您一站式掌握全套分析技能。
直播课程特色集思慧远是国内开展基因家族项目最早,也是客户文章发表数量最多的公司。本次课程我们将充分利用项目经验,实战式传授基因家族分析方法;并且打破大家对基因家族止于表层分析的传统印象,我们将结合分子实验技术(荧光定量、酵母双杂、亚细胞定位、原核表达等)的讲解,深入探讨基因家族的功能研究及应用,助力客户更高水平的研究,让您一站式系统性掌握基因家族的全套技能。同时集思慧远强大的分子实验团队将协助您进行后期实验验证,真正做到客户的所急、所想、所得!集思慧远专业的分析+丰富的经验+系统的培训+完善的服务,同类课程市场绝无二家,期待您的参与,希冀您的收获!
距离开课还有
5天
课程简介主题:基因家族鉴定及分析+分子实验验证
时间:年3月29日-4月4日(共7天)
地点:线上
课程安排注:1.软件提前安装,Windows7和Windows10安装的软件版本不一样。Windows10安装3.7.3版本Cytoscape,Windows6安装3.6.1版本。2.测试文件提前准备好,并放置到合适的盘中。3.语音讲课之前调试,开课前15分钟调试。
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