经常有小伙伴向小编抱怨,手上有极端性状的亲本和子代材料,不知道该怎么取样、怎么测序、怎么分析才能得到目标性状的关联基因。DodoGene之BSA—混池性状定位分析流程,可利用极端性状混池子代和家系亲本的测序数据,研究基因控制目标性状的机制,助您快速、准确定位目标性状相关QTL/基因。
分析流程展示点击BSA-混池性状定位分析流程的“立即使用”按钮,界面如下所示
选择分析模块,锁定;按照界面的信息提示依次填好信息分析的必需信息,包括物种名称、测序类型、群体类型、子代个数等,点击提交任务,即可开始运行流程,等待结果。分析流程内容可视化分析流程
含数据质控、序列比对、SNP检测及基因分型、SNP频率分析、性状区域定位等模块,选定所需模块,一键运行即可产出结果;另外,任务模块中提供简要的使用说明。
生信软件及数据库
部署20+专业数据库及数十款分析软件。
个性化小工具
选配曼哈顿图小工具、SNP信息筛选小工具等,根据个性化需求深度挖掘数据。
整体研究方案
解读BSA经典文献,梳理高分文章思路,同时结合项目特殊性,给出针对性的测序建议、分析方案。
建库测序攻略
提供前期样本选取、组织获得、DNA提取等基础实验的详细Protocol;
文库构建、检测、以及上机测序的试剂与方法,尊享建库测序最低价。
科研成果产出
产出结题报告+结果文件,高清的曼哈顿图、全基因组SNP注释信息、外显子SNP注释信息等…均可直接用于文章发表。
BSA分析任务完成后,可以点击任务状态页面的或者。
任务报告涵盖测序数据质控、序列比对、SNP检测及基因分型、SNP频率分析、性状区域定位,结果均可直接用于文章的撰写工作。
有时实验方案的设计、实验样本的选择会导致结果并不十分符合预期,比如定位的性状区域过大导致目标基因的选择范围太大,这时我们就需要重新设置分析参数。
为此,DodoGene专门开发了的流程工具。
BSA深度发掘BSA的深度挖掘包含三个内容,分别是、图以及。这里我们以为例,介绍深度挖掘工具的使用方法。
根据页面右侧的使用说明,在页面左侧填写想要修改的参数,即窗口与步长。点击,任务成功执行。
在右侧的任务状态页面中查看已经提交任务的运行状态,显示为。
运行完成后,任务状态显示。
在manhattan图中查看调整后的结果图片。
另外一个深度挖掘工具,可以根据子代池SNP-index(一个子代池时)或者两池的SNP-index之差,在左侧页面填写设置信息,即可按照指定区域进行作图。
过滤可以根据SNP的注释信息,将指定区域的SNP根据不同类型或阈值进行输出,得到两项结果,分别是所有SNP的筛选结果和外显子区域的筛选结果,同时提供表格下载。
为什么选择BSA流程?省时:仅用5个小时即可完成4个样本(M大小基因组)的BSA分析
省力:点击鼠标,勾选您需要的分析模块,一键运行,得到北京什么时候治疗白癜风合适北京哪家治白癜风的医院好