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基因序列分析，其实说白了就是核酸和蛋白质的序列分析，分析上使用的主要是计算机的算法理论和工具，但是也必须具有生物学的背景知识，在对序列进行分析时，首先应当明确序列的性质,是mRNA序列还是基因组序列？是计算机拼接得到还是经过PCR扩增测序得到？是原核生物还是真核生物？这些决定了分析方法的选择和分析结果的解释。
（一）核酸序列分析1、双序列比对（pairwisealignment）双序列比对是指比较两条序列的相似性和寻找相似碱基及 酸的对应位置，它是用计算机进行序列分析的强大工具，分为全局比对（代表算法：Needleman-Wunsch算法）和局部比对（代表算法：Smith-Waterman算法）两类。由于这些算法都是启发式（heuristic）的算法，因此并没有 值。根据比对的需要，选用适当的比对工具，在比对时适当调整空格罚分（gappenalty）和空格延伸罚分（gapextensionpenalty），以获得更优的比对。除了利用BLAST、FASTA等局部比对工具进行序列对数据库的搜索外，我们还推荐使用EMBOSS软件包中的Needle软件（
