临床白癜风研究专家 https://m.39.net/disease/a_5488012.htmlAlpha多样性分析vsBeta多样性分析
Alpha多样性分析即一个特定区域或生态系统内的多样性，是反映物种丰富度和均匀度的综合指标。Alpha多样性主要与两个因素有关：一是种类数目，即丰富度；二是多样性，群落中个体分配上的均匀性。群落丰富度（Communityrichness）的指数主要包括Chao1指数和ACE指数，指数越大，表明群落的丰富度越高。群落多样性（Communitydiversity）的指数，包括Shannon指数和Simpson指数，Shannon指数值越高，表明群落的多样性越高，Simpson指数值越大，说明群落多样性越低。
Beta多样性分析即不同样品/环境间的的多样性差异，Beta多样性利用各样本序列间的进化关系及丰度信息来计算样本间距离，反映样本（组）间是否具有显著的微生物群落差异。Beta多样性计算中主要基于OTU的群落比较方法，有欧式距离、braycurtis距离、Jaccard距离，这些方法优势在于算法简单，考虑物种丰度（有无）和均度（相对丰度），但其没有考虑OTU之间的进化关系。另一种算法Unifrac距离法，是根据系统发生树进行比较，会根据16s的序列信息对OTU进行进化树分类，因此不同OTU之间的距离实际上有“远近”之分，Unifrac距离矩阵又可分为weighted和Unweighted。其中Unweighted只考虑了物种有无的变化，因此结果中，0表示两个微生物群落间OTU的种类一致。而Weighted则同时考虑物种有无和物种丰度的变化，结果中的0则表示群落间OTU的种类和数量都一致。
PCA分析vsPCoA分析主成分分析PCA（Principal
