组学做完后的基因如何选择

在我们做研究中,为了寻找有创新性的基因,往往会进行组学筛选。比如收集临床病人样品和正常人样品,采用基因组、转录组、蛋白组、磷酸化蛋白组等等组学技术进行疾病和正常之间的差异基因筛选。

当这些组学做完后,往往差异会达到上百,乃至上千。面对这些差异,我们如何确定进入后续验证步骤的基因呢?

给大家提供几个原则,供大家参考。

1、创新性

科研的灵魂是创新,我们做组学的目的就是找有创新性的基因。因此,这个是第一要求。

这一步,相对比较简单,拿基因跟所研究的临床问题到pubmed上查询一下,就知道是否具备创新性。

2、功能性

基因是从临床样品中筛选出来的差异基因,具有临床相关性。但在所研究临床问题中没有报道过,其是否在疾病中发挥功能呢?这一点决定了这个基因是此临床问题的因还是果。我们做临床基础研究是为了找到对疾病发生发展具有促进或抑制作用的功能基因-候选诊疗靶点,以期开发试剂和药物解决临床诊疗问题。

目前在功能这个步骤,我们有功能高通量筛选(HCS),一般来说蛋白编码基因HCS的成功率在10%,一般建议选择20个基因进行HCS筛选,以确保成功率,筛选到功能阳性基因。

这一步骤,选择基因时,可以看一下基因已知报道的功能,看看已知报道是否提示该基因存在与我们研究的临床问题存在相关性。比如我们研究糖尿病,研究β细胞损伤导致的糖尿病,从肥胖糖尿病动物模型中筛选到建模胰岛中增高的基因(如果有人的样品筛选,是最好)。这个基因在糖尿病中未见报道,但是在肿瘤中认为是抑癌基因。那么这种基因就入选,因为抑癌基因增高在肿瘤中是促凋亡,那么我们看到其在肥胖糖尿病动物胰岛中增高,很可能也是促进胰腺β细胞损伤。

3、机制的故事性

一个课题的故事性包含多个方面,比如前面我们分享的nature文章(Nature:代谢酶与肿瘤-磷酸化调控),糖代谢的激酶,会直接磷酸化调控蛋白,从而通过这个路径参与肿瘤发生发展。这个点既有创新性又有故事性。再如,前面讨论国自然创新性中介绍的单细胞相关研究,新发现一类细胞参与疾病(从新型冠状病毒肺炎NCP谈国自然课题创新性(三)细胞)。这类也是既有创新性又有故事性。

我们这里讨论的机制的故事性,是指在往后做机制时如何做深,做严谨。甚至跟热点相关。(具体可以参看


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