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PrediXcan,SPrediXcan,MetaXcan是近些年基于GWAS后续分析开发出来的工具。
主要功能是在组织和表达的层面预测影响表型的基因,弥补了GWAS只能在基因组层面解释表型的不足。
下面是这几个工具的工作流程:
今天给大家介绍一下如何使用SPrediXcan和MetaXcan工具进行全转录组分析(Transcriptome-WideAnalysis)
该工具最大的优点是不需要个体水平的基因型数据和表型数据,只需要提供GWAS的summary统计文件就可以预测影响表型的靶基因。
缺点是对电脑的配置要求比较高。
1、配置MetaXcan环境下载、解压MetaXcan:
wget