二代基因测序技术在神经肌肉疾病诊断中的应

从年第一代DNA测序技术(Sanger法)产生至今,三十多年中,测序技术已从第一代发展到第二、第三代乃至第四代。目前第二代高通量测序技术仍占主要优势。二代测序(NextGenerationSequencing,NGS)包括全基因组测序(wholegenomesequencing)、全外显子测序(wholeexomesequencing)和目的基因测序(targetedsequencing)等方法,不同的方法各有其优势。全基因组测序覆盖了最广泛的区域,可以检测非编码区的突变,但测序量要求大,费用高,测序平均深度低,发现的突变的置信度可能下降。疾病相关目的基因的测序所需的测序量较少,获得的测序深度大,成本相对较低,目前在遗传疾病的诊断中应用较广泛,但不适合用于罕见的、或者相关疾病基因研究不成熟的遗传病。而全外显子测序相比全基因组测序而言,测序量有所降低,测序深度有所提高,使得突变的检测更加可靠,而目的基因测序更加全面,因而在目前来看在疾病病因诊断中的应用前景更广。

遗传性肌病及肌营养不良是一类异质性疾病,各种亚型之间临床表现存在很大重叠。通过肌肉活检、免疫组化、免疫荧光染色等检查可以帮助确定部分亚型,但仍有一大部分无法确定具体类型。以往的分子学诊断依赖Sanger测序,对于众多庞大或不明确的基因,这一检测手段就有很大局限性。借助新的测序方法——NGS对患者进行基因诊断,有助于明确遗传方式,进行遗传咨询并帮助患者家庭实现优生优育。

年ChaeJH等报道了来自医院的数据。入组43位临床表现为早发型(初发年龄5岁)低张力或肌无力患者,其中40例进行了肌肉活检但无法明确诊断,所有患者均经一代测序筛查了脊肌萎缩症(SMA)基因、杜氏肌营养不良基因等无阳性结果。进行检测时选择的感兴趣基因囊括了个外显子,达3.88Mb,这些基因包括了先天性肌营养不良、先天性肌病、代谢性肌病、离子通道病及神经肌接头/周围神经病相关基因,另外还包含了线粒体结构相关的个基因。经NGS检测后发现:21个病例找到明确致病基因(48.8%),在7个病例中找到可疑致病基因,有2例患者发现不明确的突变。胶原VI相关肌营养不良在这组患者中所占比率最高。值得一提的是,有3位患者经NGS检测后明确为先天性肌无力综合症——这是遗传性肌肉疾病中少有的可治性疾病,从而得到早期治疗。

医院近期也公布了NGS运用于该中心神经肌肉疾病患者分子学诊断方面的数据:在入组的55例肌病患者中有36例(65%)诊断明确,其中比例最高的为dysferlin肌病。

遗传性神经肌肉疾病种类繁多,对诊断技术要求很高。NGS技术的出现,无疑为神经肌病研究者打开了一扇观察这个神秘世界的窗户,同时也为罹患这一疾病的患者带来福音,使更及时的诊断和治疗成为可能。

Reference

[1]ChaeJH,VastaV,ChoA,etal.Utilityofnextgenerationsequencingingeneticdiagnosisofearlyonsetneuromusculardisorders.JMedGenet.Mar;52(3):-16.

[2]DaiY,WeiX,ZhaoY,etal.A







































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