肿瘤患者的NGS检测报告，应该包含胚系突变的分级注释，因为检测到的胚系突变通常会产生影响患者护理的结果，比如影响精准治疗的选择、手术的决定、额外的癌症筛查、生殖的选择以及家庭的遗传咨询......
"肿瘤患者的NGS检测，包括无配对样本（tumoronly）和有配对样本两种检测方法，但无论是哪一种，均需要确认检测方法能否有效区分体细胞突变和胚系突变。1因为这两种生物标志物类型是互补的，可以根据它们给出不同的建议。
特定的胚系突变生物学意义需要说明。如乳腺癌、卵巢癌、胰腺癌及前列腺癌中BRCA1/2胚系突变，可用于PARP抑制剂的伴随/补充诊断，应参照ACMG推荐的胚系突变解读流程将变异分为致病、可能致病、意义未明、良性和可能良性5个等级，报告致病和可能致病变异以推荐用药；此外，根据肿瘤患者的病情和家族史，对怀疑罹患有遗传/家族史的肿瘤患者建议进行胚系检测和遗传咨询。
所以，肿瘤基因检测产品，如包含胚系突变的分级注释，那将是极好的！当然，这也取决于检测公司开发肿瘤基因检测产品时的预期用途（检测人群，定性/定量检测、检测范围及变异类型等）。
年10月7日，《JAMANetwOpen》发表了一篇对肿瘤患者肿瘤测序后胚系检测的产出和效用分析，指出约30.5%肿瘤患者存在胚系致病突变（肿瘤测序会漏检8.1%的胚系致病性变异），其中大多数具有潜在的临床作用（约80%胚系致病性变异患者符合胚系随访测试的标准），在适当的患者中进行胚系分析至关重要！2
此次研究共纳入2,名先前接受过肿瘤测序的肿瘤患者，他们接受了胚系检测（年1月5日至年1月31日接受胚系检测，其中81%在年1月2日至年1月31日之间接受胚系检测）。具体的胚系检测和肿瘤测序根据临床医师的判断而决定，并由不同的实验室进行检测。在这项研究中分析了导致高度或中度肿瘤风险的致病性（包括可能致病性）胚系变异（PGVs）。（意义未明和低外显率变异被排除）
结果发现：
①2,名患者中，30.5%（例）存在1个或更多的已知肿瘤易感基因胚系致病性变异（PGVs），其中大多数具有潜在的临床作用（见下图最后一列或图片下注释）。这些变异在不同的癌症类型，基因和患者年龄（1-85岁）中普遍存在，比如，39%的BRCA1/2和28%的MLH1、MSH2、MSH6和PMS2（Lynch综合征错配修复基因）的致病性变异等。
▲基因中胚系/体系变异情况：CT表示基于基因的临床试验资格；EO表示发表的专家意见；MG表示管理指南；PT表示FDA批准的精准治疗标签；-表示不适用。
②胚系致病性变异在所有研究的癌症类型中都很普遍，包括已知与基因高度相关的癌症（例如乳腺癌，结直肠癌）以及其他癌症（例如肾癌，肺癌和膀胱癌）。
▲不同癌症类型及基因PGVs流行率③78%-82%的胚系致病性变异患者符合胚系随访测试的标准，但是通过肿瘤测序却会错过8.1%的胚系致病性变异！这些差异是由于肿瘤测序技术的限制，肿瘤测序和胚系检测之间变体解释的差异，或者在肿瘤测序和胚系检测中基因的差异。（当然，这些PGVs被发现，与临床医生对大多数患者采用了多基因胚系检测，而不是单基因胚系检测有关）
▲肿瘤测序未发现的致病性胚系变异④在具有胚系致病性变异的患者中，只有11.2%在出现第二原发癌后才能确诊。而根据目前的基因特异性监测和降低风险的建议（尽早在适当患者中进行胚系分析的重要性），第二原发癌症有可能被更早发现或预防。
在这项研究中，从肿瘤测序后胚系检测获得的高发生率且可操作性PGVs结果表明，将胚系突变检测整合到常规肿瘤基因检测和患者护理中是有益的。肿瘤患者的NGS检测报告，应该包含胚系突变的分级注释，因为检测到的胚系突变通常会产生影响患者护理的结果，比如影响精准治疗的选择、手术的决定、额外的癌症筛查、生殖的选择以及家庭的遗传咨询。
参考资料：
1.高通量测序技术临床规范化应用北京专家共识（第一版肿瘤部分）
2.LincolnStephenE,NussbaumRobertL,KurianAllisonWetal.YieldandUtilityofGermlineTestingFollowingTumorSequencinginPatientsWithCancer.[J].JAMANetwOpen,,3:e.
你与基因
只差一个
