R语言使用STEM程序分析基因表达的

使用STEM程序分析基因表达的时间趋势并划分聚类群

前两篇分别介绍了使用Mfuzz包、TCseq包在具有时间序列特点的转录组、蛋白质组数据中分析基因或蛋白表达的时间趋势，并将具有相似表达模式的基因或蛋白划分聚类。这两种方法都是R语言程序包。但如果您不习惯用R，但仍期望实现类似的功能（时间趋势分析、聚类以及可视化作图等），本篇再继续介绍一个图形界面程序，短时间序列表达挖掘器（ShortTime-seriesExpressionMiner，STEM），它在很多文献中也常见到。

STEM是一个Java程序，可用于聚类、比较和可视化来自短时间序列（一般在8个时间点以内）的基因表达数据，识别重要的时间表达谱以及与这些谱相关的基因。同时，STEM还可以对具有相同时间表达模式的基因集执行功能富集分析，例如GeneOntology（GO）富集。事实上，只要是带有“梯度”的数据，理论上都可以使用STEM进行分析，而非仅局限于时间序列，如剂量响应试验等，按“梯度”顺序排列好样本后也可以作为STEM的输入。