他山之石变应性鼻炎关键基因的生物信息

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中华耳鼻咽喉头颈外科杂志

年5月第55卷第5期

常文川许昱

医院耳鼻咽喉头颈外科

许昱

医院耳鼻咽喉头颈外科研究所

目的:通过对基因表达数据库(GE0)中变应性鼻炎llrgircinitis,AR)相关的基因芯片进行生物信息学分析,获得AR的生物标志物。

资料与方法

01

芯片数据

GEO是公开可用的数据库,从GE0下载AR患者的GSE基因表达芯片。基于GPL平台([HG-UPlus_2]Affymetrix人类基因组UPlus2.0阵列)的GSE基因表达芯片有47个人类样本,其中包括38例哮喘患者,6例AR,患者和3名健康对照者的鼻黏膜样本。同时也从GEO下载了GSE基因的矩阵文件。

02

DEG的筛选

通过使用基于R语言的交互式在线工具GEO2R(ttps:/ww.ncbi.nlm.nih.gov/geo/geo2r/)分析了AR患者鼻黏膜样本和健康对照者鼻黏膜样本之间的差异表达基因(DEG)。

调整P值0.05,logFC-2或logFC2被视为符合标准。同时,使用ImageGP(tp:p/


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