期刊:JournalofExperimentalBotanyIF：5.5
研究目的毛果杨中调控RNA的研究还仅限于miRNA,长链非编码RNA（ncRNA）依旧比较缺失。本文通过高通量测序技术测得转录组数据，研究了与干旱胁迫响应相关的lincRNA（longintergenicncRNAs），并通过RT-qPCR进行了验证。
研究材料5cm高的组培苗移栽在装满壤土的土壤里，在三个月后，苗高约45cm时，进行干旱处理（土壤相对湿度20-25%）和对照组（土壤相对湿度70-75%）
在三株植物体上取相同部位的3片成熟叶片，放入液氮中速冻。CTAB法提取ＲＮＡ。
生理指标光合作用速率、气孔电导率和蒸腾速率使用Li-光合作用速率（Li-Cor）检测
测序策略illumina测序：Hiseq
研究结果1这样本处理后的生理特点
干旱处理的叶片水势比对照组显著降低；干旱处理组的叶片光合作用速率、蒸腾作用强度及叶片气孔的电导率均显著降低，这说明干旱处理植株与对照组的基因表达（包括lincRNA）可能有显著的差异。
图1图中显示的是干旱处理与对照处理两种不同条件。A图是叶片水势的差异，B图是光合作用速率，C图是蒸腾作用强度，D图是气孔电导率。干旱处理和对照组的结果均经过t检验，**表示P＜0.。
2测序结果和基因间转录本的预测
测序获得2.69亿的cleanreads，测序深度为57.3X。其中85%的reads可以比对到毛果杨基因组中已知的基因上，比对不上的15%的reads用于分析新的基因间转录本单元（novelintergenictranscriptunits）。
3确认候选lincRNA
测序结果通过建立的筛选途径（图2），最终确定了种假定lincRNA。就非编码潜能而言，发现含有较多外显子的lincRNA要高于含有少量外显子的lincRNA。lincRNA的序列长度在-bp之间，其中-bp之间的占到了80%以上，其中分布最密集的是在-bp之间（图3）。
4miRNA与lincRNA互作
发现了30个靶标lincRNA的miRNA，以及20个miRNA靶标lincRNA或靶标模拟lincRNA.
5确认干旱应答的lincRNA
最终确定有种lincRNA与干旱胁迫响应有关，其中8种随机选择的lincRNA进行了RT-qPCR验证，6种在干旱时表达上调，其余2种下调。
图2：lincRNA筛选流程
图3lincRNA的长度分布和scaffold中lincRNA的分布情况
研究结论本文提供了毛果杨lincRNA相关全面分析的范例，使后续lincRNA功能研究有了可能。新鉴定的lincRNA能够通过实验进行验证。而与干旱相关的lincRNA也可以应答其它非生物逆境（如水淹和低温）。
参考文献Genome-wideidentificationandfunctionalpredictionofnovelanddrought-responsivelincRNAsinPopulustrichocarpa.JExpBot.65(17):-83.
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