今天为大家介绍一个新的基因功能富集分析的工具ClueGO+CluePedia，它们两个是cytocape的两个插件。ClueGO能够对感兴趣基因做GO,KEGG，Biocarta，Reactome等通路富集分析。并计算通路之间的kappa系数，研究通路之间功能上的相关性。根据kappa系数，将通路分成几个functiongroups，并以网络形式展示。CluePedia是ClueGO的辅助工具，让ClueGO结果更漂亮。
废话不多说，让我们开始吧！
.1打开cytoscape安装ClueGO和CluePedia两个插件(Cytoscape3.0+).在Apps里打开ClueGO+CluePedia
.运行ClueGO
在上面操作的基础上，结果会出现ClueGO分析结果统计：
也可以在Cytoscape的tablepanel里查看结果：
分析结果可以在ClueGOResult中导出，导出的文件夹内容如下：
通过上面的分析，美美的图就展示出来了：参考文献[1]BindeaG,MlecnikB,HacklH,etal.ClueGO:aCytoscapeplug-intodecipherfunctionallygroupedgeneontologyandpathwayannotationnetworks[J].Bioinformatics,,5(8):-.
[]BindeaG,GalonJ,MlecnikB.CluePediaCytoscapeplugin:pathwayinsightsusingintegratedexperimentalandinsilicodata[J].Bioinformatics,,9(5):-.
[3]Shannon,P.,Markiel,A.,Ozier,O.,Baliga,N.S.,Wang,J.T.,Ramage,D.,...Ideker,T.().Cytoscape:asoftwareenvironmentforintegratedmodelsofbiomolecularinteractionnetworks.Genomeresearch,13(11),-.
[4]RamosH,ShannonP,AebersoldR.Theproteininformationandpropertyexplorer:aneasy-to-use,rich-clientwebapplicationforthemanagementandfunctionalanalysisofproteomicdata[J].Bioinformatics,,4(18):-.
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