基因编辑PAVOOC利用三位蛋白结

前一篇推文介绍的CRISPR-Local是针对植物基因组设计CRISPRsgRNA的工具(《CRISPR-Local:无参本地设计sgRNA》),这里要介绍人类基因组中设计CRISPRsgRNA的工具PAVOOC,该在线工具于年11月16日发表于Bioinformatics杂志。

靶标同一基因的single-guideRNA(sgRNA)可能在效率和特异性上显著不同。PAVOOC是“CRISPR在靶和脱靶的预测和可视化”的缩写。PAVOOC是一个基于网页的sgRNA设计工具,应用了最先进的机器学习模型来找出最有效的候选sgRNA。相比于其它工具,PAVOOC会把sgRNA在功能域和蛋白结构上的位置找出来,并在蛋白质的晶体结构上可视化编辑位点。另外,PAVOOC也支持同源导向修复模版生成的基因编辑实验,并以三维的形式可视化突变的氨基酸。

PAVOOC网站的地址为







































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