基因捕获技术精准医学的基础

精准医学的基础

什么是精准医学?对于精准医学的定义,中国工程院院士詹启敏指出:精准医学是应用现代遗传技术、分子影像技术、生物信息技术,结合患者生活环境和临床数据,实现精准的疾病分类及诊断,制定具有个性化的疾病预防和治疗方案。其中,基因测序是实现疾病精准诊断、精准预防和精准治疗的重要手段。

人基因组包含30亿碱基对,数据量庞大。即使是采用高通量测序技术(NGS),直接对全基因组进行测序也面临着成本高、数据分析复杂、周期长等问题。因此,综合考虑临床目的和经济效益,需要在测序之前先对感兴趣的基因序列进行富集。基因捕获技术作为检测环节中必备的关键技术,是精准医学的基础之一。

基因捕获技术分类

基因捕获测序的主要优势在于可针对特定区域进行测序,有效降低了测序成本,提高了测序深度,更精确地发现特定区域遗传变异信息。目前常用的基因捕获方法包括杂交捕获和多重PCR扩增,核心技术主要掌握在国外大生物科技公司手上,如Roche、Agilent、LifeTechnologies等。国内为数不多拥有完全自主知识产权的有北京艾吉泰康、杭州联川生物等,目前已从众多公司中杀出一条血路,牢牢占据产业链上中游的核心地位。

其中,杂交捕获的特点是能够对外显子组甚至更大的目标区域进行捕获,但操作流程复杂,需要依赖较多专门的仪器设备;多重PCR则操作简单灵活,对仪器要求最小化,能在数小时内完成目标序列富集和文库构建,适用于相对较小的目标序列捕获。

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基于杂交的捕获技术

杂交捕获根据核酸分子碱基互补杂交原理,针对目标区域设计特异探针并将探针合成在固相或液相芯片上,然后打断基因组DNA,加上测序接头后与探针杂交,将基因组DNA目标区域捕获下来,回收目标DNA片段,直接构建高通量测序文库。根据杂交时状态不同,杂交捕获可以分为固相杂交法和液相杂交法。

固相杂交捕获技术

固相杂交法所用的探针通常都是固定在固体支持物上,其中最典型的是基因芯片。杂交后先洗脱未杂交上的DNA片段,再将与探针杂交的DNA洗脱下来,进行扩增,构建高通量测序文库。

液相杂交捕获技术

液相杂交与固相杂交最大的差异在于杂交反应的环境不同。液相杂交是通过在溶液中,目标DNA片段和带有生物素标记的探针直接杂交,然后通过生物素亲和素的反应使目标DNA片段锚定在带有亲和素的微珠上。洗去非目标DNA,洗脱后,富集的DNA进行扩增,构建高通量测序文库。

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基于多重PCR扩增的捕获技术

扩增子测序是一种目标区域高通量测序技术,首先利用多重PCR扩增、富集样品基因组中目标区域的DNA片段,再进行文库构建和高通量测序。扩增子测序具有目的明确、应用灵活、价格低廉、分析简单等优点。利用超高的测序深度,扩增子测序可以检测全基因组测序、外显子组测序不能涵盖的,复杂样品中的超低频突变,特别适用于癌症等疾病的临床科研。

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