Hi-C辅助基因组组装了解一下？
做动植物基因组的老师们应该对Hi-C这个技术不会很陌生，毕竟从年开始，基因组组装的高分文章，没有几个不做Hi-C辅助基因组组装的。那么接下来，小编将带你深入了解一下Hi-C辅助基因组组装的原理和步骤。另外，文末有福利哦~
1、Hi-C辅助基因组组装原理
在生物体内，染色质不是简单的线性排列，而是成一个紧密的压缩态，并且每一条染色体都占据着一个独立的区域，这个区域就称之为染色体疆域（Territory）。这种特殊的状态即导致染色体近端交互频率高于远端，染色体内部交互频率高于染色体之间（图1）。
图1基因组机构3D模型[1]
通过甲醛交联，可以将生物体内这种不同互作频率的状态固定下来，然后通过特定内切酶进行酶切、连接，就可以将原本具有一定距离的两段DNA“拉近”到一起（图2），最后通过测序、比对，获得基因组草图中序列之间的位置关系。
图2Hi-C实验原理[2]
2、Hi-C辅助基因组组装方法
前面简单的说明了通过比对等操作可以获得基因组草图序列之间的位置关系，这个过程需要比对软件和辅助基因组组装软件共同完成。目前为止可用的此类开源软件大概有三种：LACHESIS，3d-dna和SALSA，其中数LACHESIS软件通用性最强。图3是该软件的官方原理示意图，整个过程大致分为了聚类、排序和定向三个步骤。
图3LACHESIS工作原理示意图[3]
3、Hi-C辅助基因组组装案例
纵观近期发表的高水平基因组文章，Hi-C辅助基因组组装在其发表过程中起到了不可替代的作用。例如，年3月23日Science发表利用Hi-C完成传播寨卡病毒和西尼罗病毒的两种蚊虫的3条染色体序列的组装；年４月27日Nature发表利用Hi-C完成大麦基因组的组装，并阐明大麦染色体的空间结构。
另外，下面表格中是不完全统计的使用Hi-C辅助基因组组装的文章。
4、福利时间
我们与中科院某课题组达成合作协议，可以以远低于市场均价的价格为需要做Hi-C辅助基因组组装的老师提供服务。周期短，组装质量高，你值得一试~
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