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在微生物分离培养、分箱中获得的大量的基因组、宏基因组拼接的基因组(MAG)，如何确定到底有多少种非冗余的细菌基因组呢?
来自加州大学伯克利分校JillianFBanfield组开发的dRep可以帮助我们实现此分析。
摘要每年测序的微生物基因组的数量正在迅速增加，部分原因是通过宏基因组学研究可以获得数百个质量合格的基因组。已经开发了快速算法来全面比较大型基因组集，但是对于草图质量的基因组来说它们并不准确。在这里，我们开发了dRep程序，通过依次应用快速、不准确的基因组距离估算和较慢准确的平均核苷酸同一性测量，可以减少成对基因组比较的计算时间。与先前开发的算法相比，dRep的速度提高了28倍，具有完美的查全率(recall)和精确度。我们演示了使用dRep从时间序列数据集中恢复基因组。每个宏基因组分别组装，并使用dRep识别基本相同的基因组，并从每个重复组中选择最佳基因组。与使用共装配法回收的基因组相比，这导致回收了更多，更高质量的基因组。
文章主要结果图1.与共组装相比，使用dRep进行组装和去重复可产生更多和更高质量的基因组箱。
Assemblyandde-replicationwithdRepresultsinmoreandhigher-qualitygenomebinsas
