()植株的大小，生殖力，开花时间，组织的结构和器官的排列，数目。
()在高盐，干旱，低温，低糖，病虫害，机械损伤，激素，衰老；
()细胞生长特性：增殖速度、血清依赖性、接触抑制、DNA合成速度、细胞周期改变等（流式细胞仪）；细胞凋亡速度：细胞凋亡状态分析。细胞分泌功能：细胞因子分泌、激素分泌其它细胞功能：脱颗粒、神经递质释放、代谢速度变化等。
(4)电镜观察植株形态上的改变是否是由于细胞的大小或组织结构的改变，突变会引起突变体中原基起始细胞分裂终止在细胞分裂周期的哪一步。为了进一步研究EUI–OE植株形态上的改变是否是由于细胞的大小或组织结构的改变而造成的，做了野生型和EUI-OE转基因株系植株第六莲座叶的横切半薄切片的光学显微镜观察。与野生型的莲座叶相比，EUI-OE叶片的细胞面积无论是海绵组织还是栅栏组织的薄壁细胞以及表皮细胞都明显小于野生型，这与外观上叶片的大小差异是一致的。同时扫描电镜观察结果表明过表达转基因植株莲座叶的表皮细胞都比野生型的小。说明叶片面积的减小是由于细胞面积减小引起的。
(5)突变体内外稃形态变化可能是内外稃横向细胞数目减少，细胞面积变小，或者两方面因素综合作用的结果。为了探究bls内外稃形态改变的细胞学原因，我们对野生型和突变体的小穗进行横切，比较观察了内外稃的细胞形态。为了从形态发育角度分析bls对花器官发育的影响，我们利用扫描电镜对花器官原基形成阶段进行了观察。除了在内外稃膨大时期可以观察到突变体和野生型形态存在差异外，突变体其它花器官的起始和后期发育都正常。因此，bls突变体不影响花分生组织的诱导和花器官轮生模式的形成，只是在内外稃细胞和组织发育时期影响内外稃的横向生长。由于bls突变体在花器官原基的起始与花器官轮生模式的形成没有发生明显改变，只在内外稃伸长和膨大过程发生缺陷，因此我们猜测bls突变体可能不影响内外稃发育相关的同源异形基因表达。所以，我们检测了已知的内外稃发育相关基因。由于有些基因在内外稃上表达存在差异，我们将外稃和内稃分开，分别研究。实验结果表明，与野生型相比，这三类基因在突变体外稃和内稃上都没有明显的表达差异。因此我们认为，bls突变体不影响内外稃发育相关的同源异形基因表达，其突变表型可能是由新的内外稃发育调控途径上的基因突变引起的。
(6)统计水稻卷叶时间，卷叶程度，死叶计分，抽穗期和单株产量。
(7)植物通过对病原物中的MAMPs的识别引发了一系列的先天免疫反应，除了MAPK的激活，胼胝质沉积之外，还诱导了大量抗病基因的表达。在这些诱导的抗病基因中，既有做为转录因子的早期表达基因如WRKY、WRKY9和FRK等，又有PR，PR5等后期表达基因。组成性的表达这些抗病基因可以提高植物对疾病的抗性。利用遗传实验来验证基因的上位关系是在信号通路的研究中经常用到的手段之一。已知EINEIL抑制了包括SID在内的SA途径中组分的表达，因此推测EINEIL可能影响到了SA的合成过程。为了验证这一点，我们将sid引入了eineil双突变体中。
(8)遗传多态性：是指在一个遗传座位上具有一个以上的等位基因，且各个等位基因在群体中出现的频率皆高于%。
基因功能思路.新蛋白的确认和基因家族进化..获得全长序列无论采用的是酵母双杂交技术、酵母单杂交技术、抑制性消减杂交技术、基因芯片技术、还是噬菌体表面展示技术，筛选得到的基因一般都是编码基因的部分片段。同时不同品种比如中华可能与已测序品种9的DNA或RNA编码序列不一致。要想进一步研究这些新基因的生物学功能比如miRNA切割位点和医学意义，必须首先获得编码基因的全长序列。
()最经典的方法是建立和筛选cDNA和DNA文库，但这个方法工作繁琐，实验周期长，而且需要有完整的cDNA文库支持;
()利用GeneBank数据库中的表达序列标签(expresssequeneetagsESTs)拼接出全长或近全长cDNA，这是目前最常用的方法。但这些重叠EST群(ESTcontigs)往往只能得到近全长cDNA;
()多聚酶链式反应即PCR，但此方法费时费财且效率和特异性存在问题，不容易得到基因的全长，特别是基因的5’末端。
(4)cDNA末端快速扩增(RACE)技术。根据生物信息学的方法预测表明GHD7基因由三个外显子(exon)组成，然而前人始终无法用RT-PCR的方法扩增得到完整的编码区(与田锐交流结果)。为此我们用RACE的方法对GHD7基因进行全长cDNA的分离。基因的表达模式对基因的功能发挥有着深刻的影响，我们检索了各大水稻芯片表达谱数据库均检测不到Ghd7的表达(
