Science挖掘新型冠状病毒基因测序信

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年1月31日,Science新闻版块发表了专职作者JonCohen的报道:“Miningcoronavirusgenomesforcluestotheoutbreak’sorigins(挖掘新型冠状病毒基因测序信息,追溯疫情爆发之源)”。其中也提到了近期盛行的人为制造病毒的阴谋论。让我们一起细看文章,一探究竟吧。

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(作者先以一长串碱基测序开头,熟悉生物的同学应该知道atcg这四个字母分别代表组成DNA的最基本的四种脱氧核苷酸,a腺嘌呤、t胸腺嘧啶、c胞嘧啶、g鸟嘌呤)

这一串字符绝不仅仅是想唬住读者,这是某个病毒的一小段基因序列,而正是这个被称为新型冠状病毒的病原体,席卷中国,广受全球瞩目。科学家在全球共享流感数据倡议组织(GlobalInitiativeonSharingAllInfluenzaData)的数据库中,公开分享了至少53位病人的病毒全测序信息,分享的相关信息也在不断增多。

研究者广泛研究这些病毒的测序结果,试图探究新型冠状病毒的来源,且将其和在蝙蝠和其他物种身上发现的相关病毒的进化家族树相匹配。

“从病毒序列里面获得的最最重要的信息是,这个病毒是从某个生物个体传给人类,然后展开了人传人的播散,”来自华盛顿大学和FredHutchinson癌症研究中心的生物信息学专家TrevorBedford如是解释道。

病毒来自哪个生物?

结合市场环境抽样中展示的病毒信息,我们可知武汉华南海鲜市场在新型冠状病毒扩大爆发的过程中扮演了早期重要角色。大多数研究者表明,病毒的测序信息显示,人们可以打消病原体来自武汉病毒科研机构这个荒谬观点。

新型冠状病毒有大约29,个核苷酸碱基。现在在网站如virological.org和nextstrain.org,预印版刊载平台如bioRxiv,甚至一些同行评议的期刊上,都可以读到许多关于新型冠状病毒测序结果的分析。中国学者分享数据,使得世界各地的公共卫生实验室开发自己的病毒诊断方法成为可能,目前至少18个国家的机构参与其中。

当第一份新型冠状病毒的测序结果可以公开获取时,研究者将其匹配到由其他已知冠状病毒组成的家族树图上(这些已知的冠状病毒在多种生物中广泛存在和传播),他们发现新型冠状病毒和来自于蝙蝠的“近亲”病毒最为相似。

武汉病毒研究所的冠状病毒专家石正丽教授领导的团队于1月23日在bioRxiv上报道,新型冠状病毒与一种蝙蝠所携带的病毒有96.2%的相似性,与引起重症急性呼吸综合征(简称SARS)的“非典”冠状病毒有79.5%的相似性。

但是SARS冠状病毒和来自蝙蝠的病毒有更高的亲缘关系,测序数据有力的证明了这一点,病毒从果子狸携带的冠状病毒传染给人类,果子狸和人类携带的冠状病毒仅仅有10个核苷酸的差异。由于这个原因,许多科学家更加怀疑,在蝙蝠和新型冠状病毒之间有一个或者多个“中间宿主”。

石正丽教授团队强调指出的蝙蝠冠状病毒被命名为RaTG13,根据Bedford的分析,RaTG13病毒和新型冠状病毒有大约核苷酸的差异。在Bedford联合创立的网站nextstrain.org上,Bedford画出了冠状病毒的亲缘家族树(图例如下所示),里面包括了来自蝙蝠的病毒、果子狸的病毒、SARS病毒和新型冠状病毒的序列。

(原网站做了很多交互效果,可以获取更多信息,感兴趣的伙伴可以查看:




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