实践演示WGCNA如何构建权重基因

WGCNA(weightedgeneco-expressionnetworkanalysis)算法是一种构建基因共表达网络的典型系统生物学算法,可以系统地反馈我们各样本基因之间的相互作用模式。

大致步骤:首先假定基因网络服从无尺度分布,并定义基因共表达相关矩阵、基因网络形成的邻接函数,然后计算不同节点的相异系数,并据此构建分层聚类树(hierarchicalclusteringtree),该聚类树的不同分支代表不同的基因模块,模块内基因共表达程度高,而分数不同模块的基因共表达程度低。

WGCNA是用来分析基因表达数据的,能够将基因表达与表型变化关联起来,从而挖掘影响性状变化的模块(核心基因),理论上这个模块中的基因都是发挥某一个生物学功能,具有相同的表达模式。通过对模块的进一步的分析,能够实现筛选模块的核心基因,关联性状,代谢通路建模,建立基因互作网络等高级分析。

WGCNA是基于R语言编写的一款软件包,想要了解WGCNA的研究进展请参考主页(







































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