在这是一个神奇的网站：UCSCGenomeBrower一文中我们对UCSC的使用进行了初步的介绍，今天通过几个功能来进一步说一下进一步的使用。
一、利用UCSC数据库进行PCR引物设计的验证
点击blat，出现的页面里会有你要选择的物种和一下使用选项：
比如说，我们设计的pcr引物，如果你想知道设计的引物特异性如何，就可以运用这个版块的功能，如图所示，输入tgfb的引物，种属是小鼠，点击submit：
可见，这个引物的特异性设计的就是很好的，这个功能就类似于NCBI中BLAST。
点击上图中的browser，就可以进入到这个基因的详细信息中了：
你也可以通过点击viewDNA，获得这个基因的DNA序列：
二、如何寻找一段染色体的区域上有哪些基因
在搜索框中敲击你要查询的区域范围，这里要注意标点符号要用英文的，点击go,你可以看到这个区域内的所有基因：
你会发现，这段区域内，一个基因转录本不同，会重复很多次，可以点击左侧的trackconfigureucscgenes把splicevariants前面的对号取消apply,重复基因就没有了：
如果你想将这段区域内的所有基因都展现出来，点击上方工具栏的toolstablebrowser选择position和selectfieldsfromprimaryandrelatedtables，点击getoutput，之后你可以根据需要，选择需要输出的基因信息，点击getoutput，就可以了：
但是这样的输出结果会包括一个基因的多个转录本，如果你觉得重复的话，可以在前面的table选项中选择knowncanonicol，这样就不会出现一个基因的多个转录本了，具体的步骤我就不重复介绍了。
三、如何寻找一个基因的SNP
我们还是以小鼠种类的tgfb为例，在下方variationandrepeats中选择最新版的SNP，点击packrefresh对应的这个基因所有的SNP就出来了：
同样的，如果你想输出这个基因所有的SNP位点，还是应用tablebrowser，group选择variantionandrepeats，track选择最新版本的SNP，table处也是同样的设置，如图所示，点击getoutput：
你也可以在outputformat中选择自己想要的输出形式，大家可以自己试一下，就不一一列举了。
长按
