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经典基因敲除有时因某些基因对胚胎发育的影响而无法正常分娩，或实验动物因出生后严重的生理缺陷而过早死亡，或不能产生后代而不能获得纯合子动物模型。可以通过条件性基因敲出或敲入避免,在特定的组织细胞或细胞发育的特定阶段敲除或引入某一特定基因，对基因在特定特定组织及特定时间内功能的研究有重要意义。
利用Cre／LoxP和来自酵母的Flp—FRT系统可研究特定组织器官或细胞中靶基因灭活导致的表型。通过常规基因打靶在基因组的靶位点上装上两个同向排列的loxP，以此两侧装接上loxP的(“loxPfloxed”)ES细胞产生“loxPfloxed”小鼠,然后，通过将“loxPfloxed”小鼠与Cre转基因鼠杂交(或其它方式向小鼠引入Cre重组酶)，产生靶基因发生特定方式修饰的条件性突变小鼠。在“loxPfloxed”小鼠，虽然靶基因的两侧各装上一个loxP，但靶基因并没有发生其他的变化，故“1oxPfloxed”小鼠表型仍同野生型一样。但与Cre转基因小鼠杂交产生的子代将同时带有“loxPfloxed”靶基因和Cre基因。Cre基因表达产生的Cre重组酶介导靶基因两侧的1oxP切除，将一个loxP和靶基因切除。靶基因的修饰(切除)是以Cre的表达为前提的。Cre的表达特性决定了靶基因的修饰(切除)持性：即Cre在哪一种组织细胞中表达，靶基因的修饰(切除)就发生在哪种组织细胞；而Cre的表达水平将影响靶基因在此种组织细胞中进行修饰的效率。
