顾大夫工作室约稿
本文作者：柏劭春底特律医学中心分子遗传诊断室主任
近十年来，随着医疗概念的更新换代和分子检测技术的不断升级，肿瘤的分子诊断愈发推广成为现代医疗不可或缺的一个组成部分。一方面病人得益于精准治疗，个性治疗的系统推进，另一方面随着新技术的引进检测成本而不断降低。这两方面的相互促进给肿瘤的临床分子检测带来了一场日新月异的革命。
但另一方面，呈指数增长的临床检测在时时刻刻挑战着这些检测信息的解读和利用。如何规范化，专业化的解读这些信息成了迫在眉睫的一个任务。
为解决这一困境，起年由美国分子病理协会（AssociationofMolecularPathology）倡导，联合美国临床肿瘤协会（AmericanSocietyofClinicalOncology)，美国病理学家协会(CollegeofAmericanPathologists)开展调研，于年在分子诊断杂志（JournalofMolecularDiagnosis)上发表了关于散发肿瘤的体细胞突变的解读行业规范。在此，我利用顾大夫提供的这一宝贵机会和大家一起研读学习这一规则。
相信大家对生殖细胞突变的ACMG解读规则都颇为熟悉。下表中我概括了在肿瘤中Germlinemutation和Somaticmutation的不同及其相应的不同解读。
生殖细胞变异导致的肿瘤
体细胞突变导致的肿瘤
解读行业规范指导
ACMGguideline
AMPGuideline
变异种类的界定
Pathogenic
Tier1:StrongClinicalSignificance
LikelyPathogenic
Tier2:PotentialClinicalSignificance
Benign
Tier3:UnknownClinicalSignificance
LikelyBenign
Tier4：BenignorLikelyBenign
UncertainSignificance
变异等位基因频率
50%（杂合）或%（纯合）
可以有不同的变异等位基因频率。尤其要注意～50%左右的有无可能是生殖细胞变异
变异数量
多为一个（显性遗传）或两个（隐性遗传）
可以有多个基因的多个变异
遗传咨询要点
遵循生殖遗传的咨询过程，涵盖家庭计划，家族性肿瘤的早期筛查等
主要讲述变异相关的临床应用
在肿瘤检测中体细胞突变的解读是基于临床或试验证据进行的。在这次行业规范的制定中，AMP委员会把这些证据分为以下四个级别的证据：
A类证据：所发现生物标记在这一类肿瘤中可以用于FDA批准的临床治疗，或对FDA批准的临床治疗具有抗药性，或在专业规范中在这一类肿瘤中有治疗或预后预测意义。
B类证据：所发现生物标记在这一类肿瘤中有确切、信服的研究证明其临床治疗意义或疾病预测预后意义。
C类证据：所发现生物标记在另一类不同肿瘤中报道可以用于FDA批准的临床治疗，或对FDA批准的临床治疗具有抗药性，或在专业规范中在另一类不同肿瘤中有治疗或预后预测意义。
D类证据：所发现生物标记在这一类肿瘤中基于临床前期研究，或小数据调研，或多个病例报道，可能有临床治疗意义，或导致临床治疗抗性。
基于这四类临床或科研证据，体细胞肿瘤变异报道为以下四类：
第一组变异：所发现变异具有重要临床意义
具有A类或B类证据的变异均可以报道为第一组变异。
第二组变异：所发现变异具有潜在的临床意义
具有C类或D类证据的变异均可以报道为第一组变异。
第三组变异：所发现变异临床意义未知。
没有任何有关这一变异的上述几类证据的报道。这样的生物标记报道为第三组变异。
第四组变异：良性或可能为良性的变异。
一般这些变异在正常人群中有较高的等位基因频率。临床检测中一般对这一组变异不予报道。
下面我们以最近一期CAP的室间质检结果为例来进一步说明这一行业规范在散发肿瘤的NGS检测中的应用。
年CAP血液类肿瘤NGS室间质检检测结果于年2月份公布。结果显示，单碱基变异（SNV）的检出率在88.8-98.8%之间。插入/缺失变异的检出率偏低，大约为84.4%。其中最为难以检出的是一CEBPA基因中的单碱基插入。其检出率仅为64.1%。主要是这个基因是一个极高GC含量的基因。根据Survey的结果，大约只有44%的实验室在检测病人样本时会同时检测一个敏感性的对照，而56%的实验室并没有敏感性对照。这应该是CAP检测的一个Deficiency（MOL.)。根据我们所提及的AMP关于体细胞变异的临床规范界定，临床实验室应该检测一对照来说明其NGS平台在检测体细胞突变的敏感性和灵敏度。
另外，CAP这次质检显示只有43%的实验室对NGS检测出的变异进行二次证实。而约有57%的实验室是在没有任何证实的情况下直接报道NGS的检测结果。根据CAP的要求和这一年的AMP行业规范，各临床实验室应该在建立自己的NGS检测平台时特别说明NGS检出变异是否要二次证实。进而在正式检测中遵循自己实验室的规定。
质检报告还显示，大约有27%的实验室并未在报告中报道变异等位基因频率（VAF），而78%的实验室并不报道NGS的覆盖深度（CoverageDepth）。而AMP/ASCO/CAP在JMD上报道的关于散发肿瘤的NGS变异解读报道中强烈建议对所有报道的变异提供变异等位基因频率和覆盖深度数据。在肿瘤的检测中时常出现多个变异，并且多个变异可以有不同的变异等位基因频率。而不是遗传性肿瘤中的单个变异，呈现50%或%的VAF。这一现象的产生，一方面是由于肿瘤发生是一个突变积累的过程，有多个细胞生长调控步骤发生错误。其次，肿瘤是一个具有异质性的群体，有正常细胞，也有肿瘤细胞。肿瘤细胞还有不同的肿瘤细胞群体。因此提供检测的VAF和覆盖深度具有极其重要的临床意义。
根据这一期的Survey，大约只有55%左右的实验室采用AMP/ASCO/CAP标准，按照四组分类进行解读报道。即我们所综述的第一组具有重大临床意义的变异；第二组具有潜在临床意义的变异；第三组临床意义未明的变异；第四组良性或可能良性的变异。多数实验室并不报道第四组变异。而有近半的临床实验室并没有采用这一行业规范进行肿瘤的体细胞变异的解读报道。
综述所述，我们可以了解到，对于体细胞遗传的肿瘤生物标记的检测有不同的质控标准，也有不同的解读标准。这一点有别于生殖细胞遗传疾病或生殖细胞遗传肿瘤。鉴于体细胞肿瘤检测的迫切的市场和临床需要，在AMP倡导下，多家行业协会参与了这一调研，由在肿瘤领域有重要贡献的MarilynM.Li老师执笔，发表了这一行业规范。在此，作为AMP传播委员会的一员，我希望借助顾大夫这一平台，将这一多位专家的辛苦之作推广给大家，相互交流，共同进步。
本文作者为AMP刊物出版与传播委员会委员，ACMG经济事务委员会委员。
本文仅代表作者本人的理解和观点。
参考文献：
1.StandardsandGuidelinesfortheInterpretationandReportingofSequenceVariantsinCancer:AJointConsensusRe白癜风的偏方白癜风早期可以治愈吗
