中国首例输入性中东呼吸综合征冠状病毒结构基因与附属基因的序列分析
作者：
陆柔剑1，邹丽容2，王延群1，赵彦杰1，周为民1，武婕2，王文玲1，武桂珍1，柯昌文2，谭文杰1（1中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所，北京；2广东省疾病预防控制中心病原微生物所，广州）
摘要：
针对中国首例实验室确诊输入性MERS-CoV感染病例，采用鼻咽拭子样品进行核酸提取、基因扩增与测序，获得MERS-CoV_ChinaGD01结构蛋白与附属蛋白编码基因，包括S基因、E基因、M基因、N基因、ORF3、ORF4a、ORF4b、ORF5和ORF8b基因序列。根据S基因进化分析发现中国输入性病例中MERS-CoV虽有少数位点变异，但仍与近年沙特流行株相近，属于MERS-CoV亚型5，N、E、M等结构基因核苷酸变异较少。附属蛋白进化分析表明：ORF3、ORF4a、ORF4b、ORF5均有一定的核苷酸替换，而ORF8b相对保守。总之，中国首例输入性MERS-CoV与已发表序列相比总体表现为保守，但在部分基因序列上有一定的变异。这是中国首例输入性MERS-CoV的第一次基因分析结果报道，可为该MERS-CoV感染特点的进一步研究及相关疾病的防控提供参考。
关键词：
中东呼吸道综合征；冠状病毒；基因组；测序；进化分析
中图分类号：R.2+3
文献标识码：A
文章编号：-()04--08
中东呼吸道综合征冠状病毒（MERS-CoV）是一种引起严重急性呼吸道感染的新型冠状病毒，属于冠状病毒科β属，与SARS-CoV、HCoV-HKU1等同属［1-4］。自从年MERS-CoV发现以来［2］，感染病例不断增加，据世界卫生组织（WHO）最新统计，截至年6月1日，已检测到例MERS-CoV病例，其中死亡人，病死率达到37%，远高于SARS-CoV的病死率，感染地区有中东地区、美洲、欧洲、亚洲等地，其中大部分病例主要集中在中东地区（沙特阿拉伯、阿联酋、卡塔尔和约旦）［5］。中国地区一直没有相关感染病例报告。多种研究数据指示,单峰骆驼可能是其主要来源宿主［4］。
年5月26日韩国一名MERS-CoV可疑病例进入中国，表现发热等症状，5月28日广东省疾控中心采集该病例样品进行MERS-CoV初筛为阳性，5月29日中国疾控中心病毒病所通过对该疑似MERS-CoV病例多个样品的实验室检测分析，确认该病人为中国首例输入性MERS-CoV病例。我们进一步利用咽拭子样品进行核酸提取、全基因组扩增与测序分析，获得中国首例输入性MERS-CoV的主要基因序列，包括S基因、E基因、M基因、N基因、ORF3、ORF4a、ORF4b、ORF5和ORF8b基因，现对其基因组变异进化和分子特征进行初步分析。
材料与方法
1疫情概况和样品来源
年5月广东惠州市发现一起疑似MERS-CoV输入性病例，年5月28日可疑病例鼻咽拭子样品送到中国疾病预防控中心病毒病预防控制所冠状病毒和痘病毒相关疾病室进行最终检测和确认。实验室按照WHO建议的MERS-CoV多种检测方法同时进行检测，结果均为阳性，最终确认中国首例输入性MERS-CoV感染病例。
2病毒序列测定、上传与分析
利用送检的鼻咽拭子样品，通过设计MERS-CoV特异性引物，扩增克隆病毒基因组，该输入性MERS-CoV病毒暂被命名为ChinaGD01。测序获得MERS-CoV主要基因序列，包括S基因、E基因、M基因、N基因、ORF3、ORF4a、ORF4b、ORF5和ORF8b基因等。目前各基因序列已上传GenBank(KT-KT，KT-KT)。用于分析比较的其他MERS-CoV基因序列皆来自NCBI数据库。
结果
1MERS-CoV全基因组分型分析
截至年6月1日，GenBank共上传MERS-CoV全基因组序列86条，收集全部序列进行全基因组序列比对，采用MEGA5.0Neighbour-JoiningMethod方法进行系统发育分析，发现全世界流行的MERS-CoV主要分为6个亚型（图1），分别是亚型1-6，其中亚型1、亚型2和亚型5流行比较广泛，检测和上传序列最多；而亚型4和亚型6感染病例较少，而且主要在MERS-CoV发现早期检测到，以后很少发现。
图1MERS-CoV全基因组建树分析
