综合代谢组学和转录组学揭示细胞分裂素信号

在拟南芥中,细胞分裂素(CK)信号主要由组氨酸激酶(AHKs),组氨酸磷酸转移蛋白(AHPs)和应答调节因子(ARRs)介导。拟南芥组氨酸磷酸转移ahp2,3,5和B型拟南芥反应调节因子arr1,10,12三重突变体几乎完全缺失CK信号,且ahp2,3,5突变体被报道为耐盐突变体。越来越多的证据表明CK代谢和CK信号传导与植株适应各种非生物胁迫(包括盐度)之间的关系,但参与该过程的下游代谢变化仍有待阐明。

年11月,德克萨斯理工大学科研团队在PNAS(IF11.)杂志上发表题目为“Defectivecytokininsignalingreprogramslipidandflavonoidgene-to-metabolitenetworkstomitigatehighsalinityinArabidopsis”的研究成果,在非盐和盐胁迫条件下,对拟南芥野生型(WT)和两个CK信号三重突变体ahp2,3,5、arr1,10,12植株进行了全面的代谢组学和转录组学分析,揭示了盐胁迫下CK信号介导的遗传代谢网络的调控机制,为CK生物学在植株耐盐生物技术中的有效应用提供了理论依据。

研究材料

拟南芥植株

技术路线

步骤1:ahp2,3,5和arr1,10,12突变体表现出增强的耐盐性;

步骤2:WT、ahp2,3,5和arr1,10,12植株在非盐和盐胁迫条件下的综合代谢物分析;

步骤3:WT、ahp2,3,5和arr1,10,12植株响应盐胁迫的综合转录组分析;

步骤4:WT、ahp2,3,5和arr1,10,12植株响应盐胁迫的GO和KEGG富集分析以及调控网络分析。

研究结果

1.ahp2,3,5和arr1,10,12突变体表现出增强的耐盐性

作者首先将拟南芥野生型(WT)和两个CK信号三重突变体ahp2,3,5、arr1,10,12的10天龄幼苗转移到补充有mMNaCl的培养皿中,维持6天以验证其耐盐性。结果显示与WT植株相比,ahp2,3,5和arr1,10,12突变体植株表现出较高的耐盐性。WT植株的存活率不到5%,而ahp2,3,5和arr1,10,12突变体存活率则分别超过95%、90%(图1)。

图1WT、ahp2,3,5和arr1,10,12植株的耐盐性研究

2.WT、ahp2,3,5和arr1,10,12植株在非盐和盐胁迫条件下的综合代谢物分析

10天龄的WT、ahp2,3,5和arr1,10,12植株转移到补充有0mM(非盐胁迫)或mMNaCl(盐胁迫)的培养基中培养24小时后,采用气相色谱质谱仪(GC-TOF-MS)和液相色谱质谱仪(LC-Q-TOF-MS)对每个基因型的整株幼苗进行初级和次级代谢产物综合分析。结果显示在非盐和盐胁迫条件下,ahp2,3,5和arr1,10,12突变体的代谢变化相似,但与WT植株不同。突变体与WT植株的比较显示,ahp2,3,5-C/WT-C和arr1,10,12-C/WT-C中分别有85和66种代谢物增加,3和4种代谢物减少,而在ahp2,3,5-S/WT-S和arr1,10,12-S/WT-S比较中,分别有83和68种代谢物增加,4种和8种代谢物减少,表明就改变的代谢物数量而言,在盐胁迫下,每个单独的基因型中发生了较小的代谢变化(图2)。

韦恩图显示盐胁迫前后WT和突变体中共鉴定出83个(80个增加和3个减少)差异代谢物(DPMs),分为六大类:1)糖类,2)氨基酸和多胺,3)脂质和甾醇,4)类黄酮和酚类,5)硫代葡萄糖苷,6)其他一般代谢物。大多数DPMs主要富集在与“氰基氨基酸代谢”、“甘油脂代谢”、“丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢”等通路上。结果显示,与非盐和盐胁迫条件下的WT植株相比,CK信号ahp2,3,5和arr1,10,12突变体中脂质代谢相关和类黄酮代谢相关通路的重编程更为显著。

图2WT、ahp2,3,5和arr1,10,12植株在非盐和盐胁迫条件下的综合代谢物分析

3.WT、ahp2,3,5和arr1,10,12植株响应盐胁迫的综合转录组分析

10天龄的WT、ahp2,3,5和arr1,10,12植株也在盐胁迫后24小时收集,使用微阵列技术进行转录组分析,从分子水平上评估对盐度响应的代谢变化。结果显示ahp2,3,5-C/WT-C和arr1,10,12-C/WT-C比较中分别有和个基因上调,和个基因下调;在ahp2,3,5-S/WT-S和arr1,10,12-S/WT-S比较中,分别有和个基因上调,和个基因下调。韦恩图显示盐胁迫前后WT和突变体比较中有个重叠的差异基因(DEG,个上调和个下调),这些变化可能有助于突变基因型的耐盐性,并且通过抑制CK信号传导进行调节(图3)。

图3WT、ahp2,3,5和arr1,10,12植株响应盐胁迫的综合转录组分析

4.WT、ahp2,3,5和arr1,10,12植株响应盐胁迫的GO和KEGG富集分析以及调控网络分析

将个DEGs进一步做GO和KEGG分析,并将在ahp2,3,5和arr1,10,12突变体的转录组数据集与在非盐和盐胁迫条件下获得的WT植株的转录组数据集之间的比较中,总共确定的1,个DEGs做调控网络分析。GO、KEGG和调控网络的分析结果表明在非盐和盐胁迫条件下,相对于WT植株,富集的基因主要参与次级代谢(例如花青素、黄酮类化合物、萜烯和脂质生物合成途径)、营养同化(例如铁、硫酸盐和糖转运)和氧化还原酶活性,这与ahp2,3,5和arr1,10,12植株中与类黄酮、脂质和甾醇相关的几种代谢物的积累一致(图3,图4)。

图4调控网络分析

小编小结

综合代谢组和转录组分析结果表明,与野生型相比,CK突变体在非盐和盐胁迫条件下积累许多初级(例如,糖、氨基酸和脂质)和次级(例如,类黄酮和甾醇)代谢物,表明应激相关代谢物的积累有助于提高耐盐性,且类黄酮和脂类库的重编程与转录水平的变化高度协调。该研究有助于开发具有耐盐能力的作物,作为确保气候危机时代全球粮食安全的关键驱动因素。

中科优品推荐

可提供基于高质海量数据库的非靶向植物代谢组学服务,同时实现初生代谢物和次生代谢物的检测分析,助力植物方向研究。




转载请注明:http://www.bjgongshangzhuce.com/jyxc/10276.html


当前时间: