在DNA的转录过程中，遗传信息从DNA传递到RNA，除了RNA聚合酶外，转录因子(transcriptionfactor,TF，以下均称TF)也是不可或缺的。当我们推断某个TF作用于某基因的启动子区域，如何通过实验来验证呢？下面一起来了解几个常用的方法
1，ChIP（ChromatinImmunoprecipitation，染色质免疫沉淀)
2，CUTTAG
3，荧光素酶报告基因
4，EMSA
1，ChIP（ChromatinImmunoprecipitation,染色质免疫沉淀)
基本原理是将细胞用甲醛固定后，使用超声波或酶将染色质打断成bp以内的片段，把偶联在琼脂糖珠法或磁珠上的proteinA/G，抗体，裂解液共同孵育，抗体通过结合TF间接与TF作用的染色质结合，而proteinA/G与抗体结合，进而形成beads-抗体-TF-染色质片段复合物，最后纯化出该复合物中DNA，通过PCR或测序检测。
最早推出ChIP试剂盒的是upstate公司(信号通路抗体公司cellsignaling公司最强劲的对手，但并入millipore之后名气和实力大减，使得cellsignaling在信号通路抗体上一枝独秀）或Activemotif，文献最多的是upstate。ChIP抗体最强的也是他们。这几年中，abcam，cellsignaling凭借强大的品牌实力，在ChIP抗体方面占领了很多的市场。ChIP试剂盒方面，cellsignaling做的也是有声有色，和millipore有分庭抗礼之势。
ChIP试剂盒主要有以下几种：
各类
优点
缺点
琼脂糖珠
不需要磁力架
操作麻烦，需要非常小心；背景可能相对较高
磁珠
操作方便，便捷；背景低
需要磁力架
超声法
随机打断；得到的片段更均一；作用力强，打断更彻底
需要超声波破碎仪，超声过程麻烦，超声条件需要摸索；
酶法
操作简单；条件温和
酶有特异性的切割位点，有些蛋白可能不合适；得到的片段过长或过短；温和的酶处理可能不如超声法打断彻底
下面这个链接详细介绍了超声法和酶法的区别，供大家参考
