基因敲除的单克隆化没有必要看来你掉入了实

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近期发现一个有趣的现象,很多老师秉承着一个观念,就是敲除实验里的细胞没必要做到单克隆,只要蛋白水平有敲低效果就可以完成实验。

听起来这的确是个省时省力的好方法,但是细细琢磨下来又似乎存在着一些弊端。要知道,这个方法的可行性建立在%确保最终细胞会有敲低效果的基础上,只是结果会呈现出或多或少的差异。而实际上,这一太过理想化的构思却会面临诸多现实问题,下面将用实验数据为您一一分析。

就算是同株来源,我和你也不一样

F老师想用一株自有细胞系做敲除株,最终鉴定敲除株目的蛋白的敲低效果。考虑到细胞可能存在异质化,在进行敲除实验之前我们对该野生型细胞株先进行了单克隆化处理,并随机筛选了10株单克隆进行RT-qPCR验证。结果表明,不同单克隆的目的基因其表达水平相差很大,最高的表达效率是原始细胞株的近10倍,而最低的则是原始株的3.50%,两者之间的表达效率相差将近倍。

目的基因溶解曲线

“死灰复燃”的蛋白表达

M老师与F老师有着大致相同的敲除实验方案和实验诉求,不同的是,M老师并没有打算做到单克隆这一步。转染药筛细胞后,他用野生型与Mixclone进行了RT-qPCR验证,结果显示有明显的表达量降低。

M老师认为,该结果也可以在WesternBlot中完美呈现,但事与愿违,几乎没有任何敲低效果。经建议M老师同意进一步单克隆化,经过筛选,最终获得了一株敲低效果显著的单克隆敲除株。

“稳定+高效”才是鱼和熊掌兼可得

读到此处的你或许会说,我当然也知道单克隆细胞株的优势,也希望能一次性获得好几株单克隆细胞株,让我筛选效果最佳的。

可是单克隆化的过程总是会遇到诸多困难,就只能放弃了,听别人说单克隆化没必要,只要细胞株在蛋白水平有敲低效果就行,我也照着做好了。然而大量的实验数据证明,不如意的结果,往往可能就是因为这一点“没必要”造成的。

高效的实现单克隆化

传统的单克隆化方法,主要有极限稀释法和克隆环法:

极限稀释法是通过细胞计数将细胞稀释至极限,以单个细胞的方式接种至96孔板中培养获得克隆的方式;然而这种方法培养周期长,会消耗大量耗材和试剂成本,结果往往也不尽如人意,如获得的克隆样本数不多,边缘效应导致细胞死亡等。

克隆环法是将数以百计的细胞接种于培养器皿中培养2周,单个细胞会在局域增殖形成克隆集落,使用克隆环对集落进行标定,消化并接种至96孔板中。这种方式培养周期也较长,并且要求实验人员有很强的无菌操作技能。

ClonePlus?技术

我们从传统方法中不断吸取经验摒弃不足,Cas9X海星生物技术平台研发出了ClonePlus?技术。该技术是专有高效的细胞敲除技术,主要通过高通量电转系统和高通量的克隆分选技术结合,获得基因编辑的单细胞,其克隆形成率可以达98%,就算是克隆形成率低的细胞株也能获得敲除单克隆,7-10天可以完成绝大部分的细胞的单克隆工作。基因组稳定的单克隆化细胞株,通过筛选获得的高效表达,“稳定+高效”,鱼和熊掌兼可得。Cas9X技术团队致力于将实验中的每个细节都做到极致,力求精准而不是做无用功,让您的每分耕耘皆有收获。预览时标签不可点文章已于修改收录于话题#个上一篇下一篇


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