CRISPRKO文库筛选参与肾透明细胞

中科公益爱心 https://m-mip.39.net/disease/mipso_6032484.html
泉州白癜风医院 http://pf.39.net/bdfyy/bjzkbdfyy/171021/5779684.html

美国宾夕法尼亚州费城FoxChaseCancerCenter上周发表了一篇Nature子刊《britishjournalofcancer》5.7分的文章,我们一起来学习一下吧~

文章研究思路

酪氨酸激酶抑制剂(TKIs)舒尼替尼是晚期透明细胞肾细胞癌(ccRCC)一线治疗药物。但是四分之一的ccRCC患者对靶向治疗药物无效,而且大部分ccRCC患者会在治疗一年后复发。为了找到治疗舒尼替尼耐药的靶点和药物,研究者构建了ccRCC癌细胞株的全基因组KO文库,筛选到了与舒尼替尼耐药有关的差异基因——法尼基转移酶基因,通过si抑制法尼基转移酶和细胞凋亡实验,初步验证了该耐药基因的抑制可以增强舒尼替尼的抑癌效果。随后,搜索临床试验登记网站找到该耐药靶点的抑制剂lonafarnib,细胞活力检测找到处理细胞最佳的抑制剂浓度。Lonafarnib和舒尼替尼药物联合处理细胞并做细胞活力分析、混合药物分析软件、凋亡实验验证两种药物具有协同作用。Lonafarnib治疗的机制方面,研究者通过激光共聚焦和流式检测观察Lonafarnib可以减少舒尼替尼被溶酶体吞噬。单基因敲除细胞株验证,另一条mTOR耐药通路蛋白的法尼基转移酶修饰位点失活以后,舒尼替尼治疗的细胞凋亡明显增加。最后,通过动物实验验证了两种药物组合抑癌效果最优,证明了Lonafarnib具有成药价值。

?全基因组KO文库+舒尼替尼药物处理,筛选与舒尼替尼耐药有关的靶点为了确定与舒尼替尼耐药有关的细胞因子,用-OccRCC细胞构建了人CRISPRKO文库细胞。将-O细胞与舒尼替尼在10μM下培养12天(约培养6代),该浓度相当于舒尼替尼在人肿瘤标本中的肿瘤内浓度(9.5±2.4μmol/L),通过舒尼替尼筛选,将那些对舒尼替尼产生抗性的基因的细胞淘汰掉(耐药基因被敲除后,细胞无法存活)。接下来,在存活的细胞群体中鉴定出sgRNA及其相应的基因靶标。每个sgRNA都充当一个单独的DNA条码,用于通过测序来计数携带sgRNA的细胞数量。与舒尼替尼处理前细胞相比,筛选出处理后存活细胞中减少的(underrepresented)sgRNA作为可能与舒尼替尼耐药有关基因。

图1筛选舒尼替尼处理后存活细胞中减少的sgRNA

?舒尼替尼耐药治疗靶点基因(法尼基转移酶)的鉴定和验证研究者从这些舒尼替尼耐药有关的基因中选择了以前尚未报道过基因:法尼基转移酶(farnesyltransferase)。法尼基转移酶是由FNTA和FNTB基因编码的α和β亚基组成的异二聚体。为了验证法尼基转移酶是否在舒尼替尼耐药中起重要作用,在-O和PNX细胞中进行了该酶β亚基(FNTB)的siRNA抑制24小时后(图2a),接着加10μM舒尼替尼处理siRNA转染的细胞48小时。如图2b所示,抑制法尼基转移酶加强了ccRCC细胞对舒尼替尼介导的凋亡(DNA断裂)作用。

图2在ccRCC中验证抑制法尼基转移酶后增强了舒尼替尼促凋亡效果

?舒尼替尼耐药治疗靶点的药物和验证通过Clinicaltrials.gov搜索确定了几种抑制法尼基转移酶功能的药物,用CellTiter细胞活力检测(ATP检测法)在-O和PNX(肾细胞癌细胞株)中验证这些药物组合的协同抗肿瘤作用。使用XLFit(Excel里的曲线拟合工具)找到两种药物的有效剂量(EDs)(图3a)。用CalcuSyn2.0软件(目前市场上运用最广泛的混合药物分析软件)做数据分析,验证lonafarnib和舒尼替尼之间存在协同作用(图3b,c),APO-BRDU凋亡试剂盒检测发现,lonafarnib和舒尼替尼的联合治疗使-O和PNX细胞发生严重的DNA断裂(图3d)。

图3舒尼替尼和lonafarnib联合处理对-O和PNX细胞活力的抑制具有协同作用

?lonafarnib通过抑制舒尼替尼被溶酶体消化提高抗肿瘤活性为了进一步确定lonafarnib增强舒尼替尼药效的机制,研究者检测lonafarnib能否抑制舒尼替尼被溶酶体消化。由于舒尼替尼是一种荧光化合物。因此可以很方便地监测其在细胞内的定位。如图4a,b所示,用lonafarnib治疗后,含舒尼替尼的溶酶体数量显着减少了,同时,lonafarnib不会减少舒尼替尼在细胞中积累的总量(图4c)。

图4a和b:lonafarnib联合用药以后,平均每个细胞含有舒尼替尼溶酶体囊泡的数目减少了,图4c:总细胞蓄积的舒尼替尼荧光量没有减少

?mTOR耐药通路蛋白的法尼基转移酶修饰位点失活以后,舒尼替尼治疗的细胞凋亡明显增加研究者之前的体外和体内实验结果表明,mTORC1抑制剂的联合给药可以克服肾癌和前列腺癌细胞中舒尼替尼的耐药性。mTORC1的激活需要结合Rheb(一种GTP酶)。Rheb的溶酶体膜定位和mTORC1信号激活需要依赖Rheb的法尼基化修饰。FTIs通过抑制Rheb法尼基化,从而抑制mTOR信号传导,解除耐药性。为了单独研究Rab7a、Rab25和Rheb蛋白在翻译后法尼基化修饰(异戊二烯化修饰)在耐药机制中的作用,研究者构建3株Rab7a、Rab25和Rheb的O-KO细胞株:通过KO切割这些蛋白的CAAX基序的C端,使Rab7a、Rab25和Rheb蛋白的异戊二烯化功能失活,然后用舒尼替尼处理。如图5所示在舒尼替尼处理后,Rheb蛋白失活的细胞凋亡更明显。这些数据表明mTORC1抑制在FTI介导的ccRCC细胞对舒尼替尼的疗效增强中起关键作用。而在没有舒尼替尼处理时,Rab7a失活蛋白的-O细胞凋亡水平较低,说明Rab25蛋白异戊二烯化功能的失活可以增强舒尼替尼的促凋亡作用(图5)。

图5Rab7a,Rab25和Rheb异戊烯基化修饰在ccRCC细胞对舒尼替尼耐药机制中的作用

?联合用药加强了舒尼替尼的抑癌疗效研究者接下来使用皮下接种ccRCC(PNXC)肿瘤的小鼠研究了舒尼替尼联合lonafarnib的抗肿瘤作用。如图6所示,舒尼替尼或lonafarnib的单药治疗显示有一定抑制肿瘤生长的效果,不过舒尼替尼和lonafarnib的联合治疗组的肿瘤生长的抑制作用更为明显。这些结果表明,联合用药有可能成为ccRCC肿瘤的舒尼替尼耐药新的治疗策略。

—如有相关需要,欢迎扫码咨询—

往期相关阅读:

全基因组CRISPR文库筛选发现Haspin和极光激酶B的协同致死效应

CRISPR文库筛选专题:发现新的乳腺癌耐药突变基因ARID1A及其耐药机制

JCI:CRISPR全基因文库发现CUL5/SOCS3复合物在小细胞肺癌转移中的重要作用

基于CRISPR的核酸检测技术——SHERLOCK

CRISPR文库筛选专题:发现新的乳腺癌耐药突变基因ARID1A及其耐药机制

AdvancedScience:CRISPR文库筛选发现EGFRvIII胶质瘤TMZ耐受关键基因

END




转载请注明:http://www.bjgongshangzhuce.com/jyjg/7021.html


当前时间: