介绍
#1
■在比较基因组分析，对直系同源基因分析后，往往接着就是基因家族扩张收缩分析。确定生物间表型差异背后的遗传变化和导致变化的进化压力，是进化生物学的主要目标之一。基因组分析工作已经揭示了物种间基因家族的成员频繁获得和丢失。基因家族规模的变化可能有利、有害或者中性，但基因家族的数量变化也是形成物种特异的重要原因之一。
#2
■推荐一下普遍使用的软件CAFE(ComputationalAnalysisofgeneFamilyEvolution)。小编永远支持具体问题还是具体分析，生物分析软件也只是辅助我们获得一个预测性的结果。
#3
■首先，CAFE由MatthewW.Hahn课题组在年提出评估基因家族进化速度和模式的模型，年CAFE软件面世，年推出CAFE3软件，年更新CAFE5软件。（可见该软件还是一直更新）
#4
■摘一段CAFE5（Bieet.al,）简短解释CAFE工作原理：
TheprobabilisticmodeladoptedinCAFEwasintroducedbyHahnetal.();itusesarandombirthanddeathprocesstomodelgenegainandlossalongeachlineageofaphylogenetictree.Inordertomakeinferencesoverawholephylogeny,aprobabilisticgraphicalmodel(Lauritzen,;M.I.Jordan,manuscriptinpreparation)isusedtocalculatetheprobabilityoftransitionsingenefamilysizefromparenttochildnodesinthephylogeny.Usingthegraphicalmodelsmachinery,onecandrawinferencesonthegenefamilysizeforallancestralspecies.
#5
■CAFE应用随机出生死亡的模型，模拟一个系统发育过程基因家族得失。为了推断系统发育过程，可计算由父节点到子节点的基因家族大小转移率，也可推断祖先物种的基因家族大小。
安装
#CAFE5下载gitclone
