收藏贴如何预测转录因子的靶基因

做完转录组测序分析之后,我们都会找到一些自己关心的差异表达基因。如果这些差异表达基因中有转录因子,那么我们可以进一步研究这些转录因子具体调控哪些基因的表达,也就是预测转录因子的靶基因。

要预测转录因子调控的靶基因,需要两个步骤:

1.首先需要知道转录因子的结合序列特征;

2.基于转录因子的结合序列特征去基因上游的promoter区搜索,如果能搜索到结合特征的序列,那么该转录因子就有可能调控该靶基因。

今天我们就介绍一种利用JASPAR网站来完成转录因子调控靶基因预测的方法。

转录因子结合序列特征的查找

1.转录因子结合序列特征,这个可以采用JASPAR网站(


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